管理制度上的问题主要体现为两个方面。一方面，是缺少一般制度。例如，《
野生动物保护法》尽管间接涉及野生动物遗传资源的保护，但未规定完整的遗传资源管理制度。又如，在渔业生物遗传资源管理方面，目前只有1979年发布的《
水产资源繁殖保护条例》，但该《条例》事实上并没有规定完整的遗传资源管理制度。另一方面，是缺少特有机制。遗传资源管理的特有机制包括：遗传资源的获取机制、遗传资源惠益分享机制、遗传资源利用的市场化机制等。我国目前关于动物遗传资源管理的立法对于这些机制的重视程度不高。缺少这些特有机制的后果目前已经初步显现，例如遗传资源损失严重，有的品种（如五指山小型猪）处于濒危状态，有的品种（九斤黄鸡）已经灭绝，还有许多品种的个体数量也发生了不同程度的减少。[3]同时，由于缺少关于遗传资源惠益分享的规定，导致在国内，相关惠益经常由少数私法主体获得，而作为遗传资源所有者的国家的利益却无法很好地实现；而在国际上，则无法公平合理地基于遗传资源的提供而获得相关惠益。再如，在生物新品种保护方面，我国仅规定了对植物新品种的保护，而没有规定对动物新品种的保护。
在调整内容方面，调整对象和保护对象均不完整。其一，调整范围不完整。目前除了一些关于家养动物种质资源管理的法规和规章之外，其他相关法律法规大多强调对生物物种及其生境的管理，而对于赋存其中的遗传资源的管理则关注不足，这使得遗传资源管理大多只能通过对物种和生境的管理和保护间接实现。其二，保护对象不完整。例如，在野生生物遗传资源的保护方面，目前受保护的对象只是被列入“国家重点保护名录”的动植物。然而，未列入“名录”的动植物同样也蕴藏着大量的遗传资源，忽视了这部分遗传资源的保护，在保护对象上显然是不完整的，也难以满足遗传资源全面保护的需要。其三，规范内容不完整。现有的相关法律法规侧重点主要是国内遗传资源的经营和管理，而对于遗传资源进出境和种质资源流失的防止，却未作出明确而详细的规定。对国内相关活动的规制固然重要，但如果忽视了对外相关活动的管理，顾此而失彼，即难以实现全面有效地保护动物遗传资源的目标。
在权利体系方面，基本权利制度欠缺。这方面的问题主要体现为：一方面，权利归属不明确。《
野生动物保护法》确立了野生动物资源的国家所有权。但是，对蕴含其中的野生动物遗传资源的权利归属却未作明确规定。另一方面，权利体系内容不全面。在我国目前关于动物遗传资源管理的法律规定中，土著居民的权利和农民的权利没有受到应有的重视。事实上，遗传资源的获取与惠益分享与土著居民和农民的利益密切相关，缺少了对他们的权利的规定，权利体系是不完整的。另外，国家的遗传资源收益权也缺少明确的程序性规定作为保障。权利体系内容的欠缺不仅不利于保护有关利益各方的权益，而且也不符合相关国际规则的要求。
