其次，不同行政部门在林地保护中配合不到位，越权行政导致林地被侵占的现象时有发生。根据现行的《
森林法》，用地单位要占用或征用林地，必须先向县级以上人民政府林业主观部门提出用地申请，经审核同意后，按照国家规定的标准预交森林植被恢复费，领取
使用林地审核同意书后，才可以凭
使用林地审核同意书依法办理建设用地审批手续。占用或征用林地未经林业主观部门审核同意的，土地行政主管部门不得受理建设用地申请。法律可谓规定的很明确，为了保护林地的生态价值，将林业部门的同意作为林地占用或征用的前置程序。但现实中，却常常出现林地占用或征用申请人未经林业主观部门同意，直接在土地部门获得审批的情形。此时，虽然按照法律，土地部门的行为是无效行政许可，但因为林业部门不能成为行政诉讼的原告，其不可能对土地部门的违法许可行为提起行政诉讼。而有权提起诉讼的集体林地所有权人却是主体缺位，土管部门的这一无效的行政行为在仅有公法保护林地所有权的中国往往不能得到确认。
也有人提出通过完善相关法律的方式，在公法保护手段的范围内对部门之间不协调的问题进行解决。笔者调研时遇到林业部门的工作者就认为，之所以会出现土管部门越权审批的问题，是因为《
森林法实施条例》只规定了行政相对人的责任，却没有对土地部门违反规定予以行政许可的行为规定相关的责任。所以应该在《
森林法实施条例》中增加土管部门相关责任的规定。但笔者认为这并能从根本上解决问题，因为责任仅是一种事后的救济途径，损害造成后很难恢复。而且要追究一个行政部门的责任，即使有法律的规定，在现实中还是十分困难的。
最后，政府的有限理性和权力寻租可能性的存在，往往使公法手段成为保护集体林地所有权的“镜中花”，“水中月”。虽然法律可以规定很完善的条文，但在实际运行的过程中，各种问题都突出出来。即使是以保护林地为宗旨的林业主管部门，其也存在自身执法犯法的问题。有的基层林业部门审查把关不严, 甚至帮助用地单位弄虚作假骗取审核同意或批准。有的不按照规定如实上报地类, 将防护林改为用材林, 将有林地改为疏林地; 有的不如实上报面积, 划整为零; 有的擅自改变建设项目的性质。将非直接为林业生产建设服务的建设项目, 列为直接为林业生产服务的建设项目批准。 [3](P38-39这些现象背后的根源在于法律赋予行政部门的公权力在一定条件下会发生异化。以保护林地为目的而赋予林业部门的审批权，在用地单位的利益攻势下，就变质为林业部门工作人员为个人和部门谋取私利的工具。这些都是公法手段自身难以克服的问题，虽然可以通过加强权力监督来改善，却不可能从根本上杜绝。而用私权来限制公权，才是防止公权力过分扩张而异化的正确思路。问题又归结为如何将须有其名的“集体林地所有权”变为真正具有支配性和排他性的物权。
