（三）对野生动物栖息地的保护不力
我国的野生动物保护面临的最大的问题是野生动物栖息地的丧失和人为开发活动的干扰。大规模改造森林造成树种单一，在一定程度上丧失了森林完整意义上的生态功能，不适于动物生存，也是对野生动物栖息地的一种破坏，还有就是对湖泊、湿地的破坏，这些因素都导致了我国野生动物渐渐的绝迹。
而我国目前的法律中，对动物栖息地的生态恢复和保护强调不够。关注动物栖息地保护和动物的生存权，包括动物福利与伦理等内容，是很多国家动物保护法律中重要的组成部分，我国现行的动物保护法几乎没有这些内容，在立法上存在了很大的漏洞。
（四）对于虐待野生动物行为存在的法律问题
在我国多家动物园里野生动物仅仅被当成是旅游资源或观赏物被关在笼子里，备受虐待，比如刘海洋伤熊案。消费野生动物行为也非常普遍，常把野生动物做成食物、药品来消费，只是为了一己之欲，严重的破坏野生动物资源，对于这些行为我国至今没有相应的法律进行约束。
（五）动物损害补偿制度的漏洞
《
野生动物保护法》第
十四条规定：“因保护国家和地方重点保护野生动物造成农作物或者其他损失的，由当地政府给予补偿”。显然，这条规定存在很大的漏洞。首先，规定动物损害补偿的主要责任由地方政府承担，这使野生动物损害补偿难以落实。由于野生动物分布密集的地方基本上都是经济落后地区，地方政府财力有限。各省的《补偿办法》一般规定赔偿资金由省、市、县分担，但实际主要依赖省级财政投入。因此，补偿不足普遍存在，甚至有的人得不到补偿。其次，动物损害是补偿而不是赔偿，补偿是弹性的，并不要求必须足额补足损失，而赔偿应该是足额的、与损失等量的。由于没有硬性要求，实际上大多数受损者得到的补偿都低于受到的损失，使受损者的损失难以得到完全弥补。
（六）野生动物驯养繁殖和经营利用中的管理存在问题
野生动物驯养繁殖场、动物园从野外捕捉野生动物只须象征性地交一点资源管理费就可以了，而管理的过程和质量得不到任何监督。动物园甚至成为破坏野生动物资源违法犯罪的庇护所。大批的野生动物被运进这些养殖场，经洗货后便获得了驯养证、运输证，被合法的运往各地。甚至在有些地方将野生动物救护机构与野生动物驯养繁殖场所合二为一，致使一些应该得到救护后放归大自然的野生动物得不到救护。
