在征收程序方面，日本《土地征收法》建立的是“无补偿即无征收”为内容的事前补偿原则，为即该法律就整体基本结构而言，通过土地征收程序，在公益方面确定了征收以土地、房屋等对象，在私益方面确定了征收补偿金额。这里所谓的补偿中，单纯财产权的保障已经不是公用征收制度内容中的决定性因素，负担平等、生活保障等等内容已经构成补偿内容的重要组成部分。[②]
在上述的基本结构中，日本《土地征收法》在总体上可以将土地征收法所规定的法律程序分为两个部分，即项目认定程序和征收裁决程序。
需要指出的是，《土地征收法》所规定的两种正规程序，是针对难以通过自愿收购土地房屋的方式，不得不作出行政行为的情况设置的，在一般情况下，公共用地的取得绝大多数是通过下述第四部分涉及到的调解程序、协议确认程序、和解程序这些由《土地征收法》在“特则”部分设定的程序，以及其他与“特则”规定无关的其他方式形成的自愿收购途径实现的。
二、项目认定程序
1．项目认定申请和项目设立人、项目认定人
在土地征收程序中，首先需要由项目设立人提出项目认定申请。项目认定申请是由项目设立人根据项目在《土地征收法》中的归类，分别向国土交通大臣或者都道府县知事提出。
根据日本《土地征收法》第3条和第8条第1款的规定，项目设立人是指从事符合征收条件的项目，认为有必要征收相应土地房屋的人，具体是指国家、地方公共团体以及公社、公团、特殊会社等政府相关机关、公益事业从事者、公共组合等。
针对项目设立人申请的项目，作为项目认定机关的国土交通大臣或者都道府县知事，就项目设立人、项目的种类、项目的施行区域等事项分别行使认定权限。例如，当所需认定的项目是由国家或者都道府县作为项目设立人设立的项目，或者施行项目所涉及到的土地跨越两个以上的都道府县地域的项目等《土地征收法》第17条第1款规定的项目时，由国土交通大臣担任项目认定人。除此之外，管辖项目设立地的都道府县知事担任项目认定人。
2．项目认定要件
征收的项目是否能够成立，关键在于该项目是否具有公共性。[④]对此，日本《土地征收法》第3条采用列举主义的方式，列出了可以采用征收或者使用土地房屋的项目。只有符合该条列举出的事项的项目，才允许采用征收土地房屋的方式。反之，即使被认为具有高度公共性的项目，只要未被列入第3条的范围，其也无法采用征收的方法取得土地和房屋。
