第三，相互制约是核心，以保障法律适用的公正性。“一切有权力的人都容易滥用权力，这是万古不易的一条经验。”“从事物的性质来说，要防止滥用权力，就必须以权力约束权力。”[3](P154)权力制约的原理是共通的，只是我国国家权力之间的制约是以人民代表大会制度为背景，以相互配合为基础的而已。为了防止权力的滥用，为了确保审判权和检察权的公正行使，这种监督制约是必不可少的。这种制约是“互相”制约，也就是说是双向制约关系而不是单向制约，否则这只能是一个没有支点而严重失衡的跷跷板。检法之间相互制约是核心问题，没有这种制约，所谓的分工负责就失去了意义，相互配合也会严重变质，法律适用的公正性亦将无从保障。当然，制约本身不是目的，而在于通过检察权与审判权之间的制约来保障法律适用的公正性。解决权力冲突的关键在于正确理解宪法的精神，始终把公民权利保障的价值放在首位。强调相互制约有助于体现权力监督的宪法精神，建立以制约为核心的三机关的关系。
当然，“分工负责、互相配合、互相制约”的宪法原则是一个完整体系，而不能孤立地理解。这一原则强调了法院和检察院各自的宪法地位，强调了各自的独立性，强调了法律监督权与审判权之间的合理协调和平衡。既不是因强调法律监督权而否定审判权的独立性，也不是强调审判权而否定法律监督权的实效性，力求在两者之间寻求一个合理平衡，努力保持两种权力的属性而又不失有效性。
五、司法机关功能的界限
在我国，司法机关既发挥着司法功能，同时也履行一定的政治功能，需要树立大局意识，积极主动为经济社会发展提供良好的司法服务。但司法的能动性是有条件的，必须遵循司法发展的内在规律。兹以法院功能为例说明这一问题。
司法能动主义与司法消极主义是在司法实践中发展出来的两种司法理念。司法能动主义要求法官基于职业知识，通过对具体案件的审理，以公正和保护人的尊严为己任，不拘泥于先例和成文法的字面含义进行创造性和补充性解释，以积极的态度回应当下的社会现实和社会演变的新趋势。与司法能动主义相对应的是司法消极主义，是指法官在寻求立法原意的基础上，尊重成文法和先例，在解释的过程中尽量保持对立法机关和行政机关的尊重，尽量减少自己信仰和偏好的注入，并试图通过各种方式对法官的自由裁量权进行必要的限制。两者各有特定的理念与存在的条件，司法能动性的发挥要充分考虑宪政体制、政治文化与司法传统等综合因素。
司法能动主义则具有一定的优势：如可以填补立法的不足，维护社会秩序，有利于最大限度地实现个案正义。同时，司法能动主义可以推动法律对社会的适应，特别是在社会变革较为剧烈的时期，法官灵活适用法律，可以有效化解稳定的法律与急剧变动的社会现实的冲突。但也存在一定的局限性。在提倡能动司法或者灵活司法的同时，必须为这种司法划定一条严格的法律界限，否则能动的司法最终将吞噬宪法构建的权力分工原则，也会对民主本身的价值构成巨大威胁。
