十一届三中全会后，随着《刑法》、《刑事诉讼法》的颁布，逐步形成了司法机关内部相互分工、相互配合与制约的司法制度。法院和检察院之间从单纯的“合作”发展为以“合作与制约并重”，凸显“制约”的新机制。特别是，1996年修改《刑事诉讼法》以后，伴随着诉讼模式的转变，这种司法权之间的制约得到了进一步的加强。现行宪法第135条首次明确规定了法院和检察院之间的关系：“人民法院、人民检察院和公安机关办理刑事案件，应当分工负责，互相配合，互相制约，以保证准确有效地执行法律。”分工负责、互相配合、互相制约的宪法原则体现了我国国家权力特别是法检公三机关之间关系的本质要求，应该成为协调检法关系的宪法原则。具体来说，可以从下面三个方面来加以理解。
第一，分工负责是前提，以保障各自权力的独立性。只有各自职责明确，才能够在相对独立的环境中发挥各自的功能。如前所述，检察院和法院的性质和地位都是由宪法所规定的，也是由宪法所保障的。否定检察院的宪法地位是不符合现行宪法体制的。但检察院也不能以履行法律监督职责为名来侵犯法院的审判权，换言之，法律监督是有限度的，它要以尊重法院的宪法地位为前提，而不能影响法院的独立性。审判权与检察权存在着各自不同的作用领域和方式，宪法之所以要设立法院、设立检察院，其目的在于发挥两个机关各自的独特功能，而不是以一个机关取代另一个机关，不得越位缺位，不得越俎代庖。
第二，互相配合是基础，以保障国家权力的有效性。只有相互配合而不是互设障碍故意刁难，才能实现国家权力运转的有效性，才能实现检察院的法律监督职责。这种相互配合不是说检察院起诉什么，法院就判决什么，更不是以前所认为的那样，“公检法三家流水作业”，而是主要体现在检察院基于对法院判决的判断基础上提起抗诉和审判监督程序等程序的衔接。在检法关系中，法律监督必须强调一种程序性，即不能对法院的实体性行为进行实体性监督，也不能就法院审判中的问题作出实体的决定，否则就会与分工负责、相互制约原则发生冲突。
