由此可见，历史上的驻京机构，其设置未必是不合理的。但是，设置未必不合理，不等于没有问题。这些问题，比如刺探、收集情报，行贿官员等行为，可以说与驻京机构一直如影随形。汉武帝时，淮南王刘安之女刘陵长期驻留京城，贿赂大臣，刺探情报，为刘安谋反做准备。刘陵不是驻京办人员，但所做的事淮南国邸人员也可以做。如汉昭帝时，燕国邸人员刺探到大将军霍光正在调动军队的重大情报，于是赶紧向燕王刘旦密报，刘旦遂向汉昭帝检举霍光图谋政变。
民国以后最著名的驻京办，大概是八路军驻重庆办事处。重庆是当时的陪都，八路军驻重庆办事处自然也可以算驻京办。八路军驻各地办事处的职能较多，包括宣传中共的抗日主张、开展统一战线工作、推动抗日救亡运动、采购与转运军需物资、接待中共过往人员、掩护中共地方组织的活动、营救被捕的共产党人和进步人士等。其中收集情报、接待人员显然是其重要功能。八路军驻重庆办事处设有秘密电台，负责与延安及各地有关电台的联系，这个活动自然少不了要刺探和收集情报；而接待的人员中，则有到重庆与蒋介石进行谈判的毛泽东。
解放后，在计划经济的制度框架下，各省设立驻京办，争夺本省所需的资源，这自然也少不了探信息、托关系。到了“文革”时期，便被认为“是省市区党委和政府的情报机关”，“他们到中央、国家机关到处收集情报和刺探消息”，甚至被指责“各省市区驻京办事处是搞特务活动的”，因而被撤销了。“文革”后省级驻京办恢复，而地市级、县级驻京办也随之发展起来，特别是1994年分税制改革以后，中央财权扩大，各地为了争取重大项目和更多的财政转移支付，自然加大了在京城的活动力度，“跑部钱进”等腐败现象也逐渐为社会所知。
但是，像“跑部钱进”之类的现象，如果将之简单地视为驻京办的罪状恐怕不太合适。在清代，实际上已经不存在像现在的驻京办这样的机构，但“跑部钱进”现象照样存在。清代的财政制度对地方财政收支管理非常严格，地方官不可能拿地方财政去设置驻京办，但地方政府向中央部门呈送“部费”却几乎是公开的，地方官员向京官送礼也极其普遍。
历史提供的经验是，一项制度，其实施的效果如何，不完全是制度本身的问题，还有制度运行土壤、实施机制等问题。一项好的制度，可能实施起来效果不佳，甚至问题丛生。
目前的驻京办问题很多，的确到了必须大力整顿的地步。但是，简单的存废不能真正解决问题，驻京办或存或废并不是很重要。重要的是，让并不坏的制度不变坏，让好的制度能够发挥好的绩效。
