2. 赔偿金额差别大。虽然每个案件的加害方、被害方的具体情况不一样，应该允许个案之间存在差异，但是不能排除其中有利用检察机关批捕裁量权达到个人目的情况存在。但由于是双方当事人自愿协商而定，作为法律监督机关的检察机关不可过多干预。由于赔偿数额由当事人自己的期望值决定的，而当事人的期望值又取决于他对事实和法律的认知，在当事人相关认知能力欠缺的情况下，为双方当事人一致接受的刑事和解结果依然可能是不公正的。
3. 调停人的中立性、专业性缺乏保障。刑事和解是通过加害人与被害人面对面的接触，并经双方选择信任的人充当中立第三者的调解，促进当事人双方的沟通与交流，从而确定犯罪发生后的解决方案。中立、专业是刑事和解对调停人的要求。实践中有的双方当事人自行寻求第三者进行调停，有的则由检察官主持和解。在第三者担任调停人的情况下，调停人的中立立场、法律素质无法保证，刑事和解追求的价值目标难以实现：而由检察官充当调停人，虽然具备了法律素养，有一定的权威性，但一是目前基层案多人少矛盾突出，而刑事和解程序繁琐，费时长，要求检察官花大量精力、时间主持和解是不现实的，二是有可能会引起一方或双方的误解，认为是在袒护另一方，无法达到刑事和解的最佳效果。
4. 容易出现权力的滥用。一是检察人员权力的滥用。刑事和解使检察人员手中的权力扩大，不排除有少数检察人员可能利用刑事和解权，收受当事人贿赂，以案谋私，强迫和解，或以刑罚代替和解相威胁，也可能出现利用安排和解谋取私利的司法掮客。二是被害人权利的滥用。被害人可能会利用加害人急于刑事和解的心理而漫天要价。三是加害人权利的滥用。在刑事和解这种开放式的纠纷解决机制下，被害人拥有了决定加害人命运的巨大权力，加害人可能通过种种途径，采取种种不当甚至违法手段影响受害人，迫使其“自愿”和解。
(二)审查逮捕阶段实行刑事和解制度存在问题的对策
1. 修改《刑法》、《刑事诉讼法》，加快刑事和解的立法进程。现行的刑事和解由于缺乏法律的相关规定，使和解程序不规范。虽然各地都根据实际情况，制定了有关刑事和解案件的办案规定，但因为缺乏统一的法律规定，对刑事和解案件的适用条件和范围、案件的处理方式、启动模式、调解人等各地的规定各不相同。为了消除刑事和解制度引入审查批捕阶段实践的障碍，修改《刑法》和《刑事诉讼法》，应在诉讼程序中增加刑事和解环节，对刑事和解案件的适用条件和范围、案件的处理方式、启动模式、调解人等作出统一的规定，同时加强对实行刑事和解制度的监督，引入人民监督员制度，刑事和解案件应当交人民监督员对其合法性，公正性进行审查，以保证刑事和解的公正性。
