2.机构设置存在交叉重叠。我国环境管理体制的发展经历了两个阶段，从部门分管发展到统分结合。在环境管理模式转化的每一阶段，国家只着重于成立或撤销环境管理机构，而不注意它们之间的协调和统一，从而出现了某些机构重复设置、职能交叉的现象。如在自然保护方面，国家环境保护部门设置有专门的自然保护司，而国家林业局也设置了野生动植物保护司。其实，野生动植物的保护，仅是自然保护的一个方面。这种机构的重复设置必然造成职能的交叉和重叠[5]。又如对水资源的保护，目前的水管理体制依然存在“多龙治水”的现象。“多龙”，是指有权管理水资源的部门众多，水利部门、建设部门、卫生行政部门、地质矿产部门、市政管理部门、环保部门都在各自职责范围内进行管理。除此之外，各级交通部门的航政部门，渔政监督部门也都享有一定的管辖权。这些分别对水体的利用和保护拥有国家管理和监督权的机关，各自为政，相互之间缺乏沟通和协调，往往使得工作中对同一客体的保护难以达成共识。权力分散、政出多门造成相互间的冲突与矛盾，各部门间职责权限划分不清，且相互间出于部门利益关系难以协调，执行分工职能时难免发生越权与冲突现象。由于政府内部部门职能的错位、冲突、交叉、矛盾 ，引发了国家公共利益与部门行业利益的冲突，从而在某种程度上加剧了生态环境的恶化。
　　
　　二、国家环境管理的制度选择
　　
　　面对复杂的环境问题，国家环境管理要做出多种制度选择和制度安排，其中主要的有两种：环境行政管制和环境经济激励。
　　
　　（一）环境行政管制
　　
　　行政管制也称为命令控制方法，是政府通过运用规章制度来对环境污染外部性进行直接干预，如发放许可证、颁布环境标准等。管制的优点在于具有强制性和权威性，污染者别无选择，要么服从，要么面临法律仲裁或行政程序的处罚，最后的环境效果具有确定性。长期以来，我国在环境管理方面采用较多的就是这种以政府直接管制为主的管理措施、管理制度。现行的一系列以环境影响评价制度、限期治理制度、“三同时”制度、排污收费制度、污染物排放许可证制度、环境保护目标责任制度等为基本内容的环境管理体系，基本上是以行政管制为主的管理体系。
　　
　　政府的直接管制对中国的环境管理是有一定的积极影响和作用的，它避免了大量因市场失灵而导致的环境问题。然而在市场经济体制逐步完善的过程中，政府的直接行政管制存在的诸多弊端也在逐步显现，表现在：第一，灵活性差[6]。对于新的生产工艺、新的环境状况或企业间存在的技术差异、控制费用差异，管制方法想做出相应调整需要一段适应期。这是因为，命令与控制的本质是制定规则，而制定良好规则的前提是掌握事物运行的客观规律，了解公共行业和生产技术的细节。而在短时期内，获得所有相关信息是比较困难的。第二，成本高。政府部门监测和执行的管理成本较大，经常难以执行。第三，缺乏对控制污染方法改进的激励机制，不能为开发减轻环境损害的新技术提供激励。第四，罚款的设定水平过低无法阻止违规。第五，可能会引发其他违法行为，如以较低的贿赂成本获取较高的不正当收益。违法者通过向政府行使贿赂来获取有利于自己的监测结果，从而逃避应交纳的排污费或罚金，这种行为不仅会导致环境进一步恶化，还会增加廉政成本。

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