我国水污染物排放许可证制度是由中央和地方的环保部门统一负责监督管理，相关部门依据环保法及相关规定在自己的职责范围内对环境污染防治和资源保护等实施监督管理。但我国环保部门对专业问题没有最终决定权。同时，司法和公众对环保部门制约作用较小，缺少权力相抗衡的基本条件。实施方面有关程序如下：申请人填写申报登记表，并报本单位主管部门审核；在制定时间内，向所在地环保主管部门提交排污登记表，并按要求提供必要的资料；当地环保部门分配排污指标，包括区域污染物总量控制指标和区域污染物总量削减指标；对达标排放且不超过总量控制指标的发给排污许可证，对超过排污控制指标的发给临时排污许可证并限期削减排放量。
美国NPDES许可证监督管理体制能够保证美国联邦环保局对州政府直接发号施令，促进地方依法实施许可证制度。同时严格的法律制衡，能够带来法律框架内权力、权利及其相互之间的制衡与合作。而我国水污染物排放许可证制度受经济部门及地方利益的影响过多，很可能会而失去其科学性；同时在实施中统一监督管理受体制及法律之外诸多因素的影响而落空。实施程序方面，与NPDES许可证制度相比，我国的相关程序模糊粗糙，过多的依赖于执法人员自身的素质，更不利于维护排污者的权益；而且缺少对话，尤其是缺少公众参与，使公众丧失了与自己休戚相关的事务的话语权，甚至无形中造成了公众与环保管理部门的对立。
五、法律责任
根据《清洁
水法》，对持证排污者违反NPDES许可证的行为，联邦环保局可以暂停、吊销、修改、终止排放许可证。另外还规定了严厉的行政、民事及刑事的制裁：对违证排污者可发布行政命令或处以每天100，000至125，000美元的罚款；对于许可证和行政命令的，由法院发布强制令和处以每天25，000美元以下的民事罚款；刑事制裁主要有罚金和监禁，对于过失犯罪者，处以每天2，500至25，000美元的罚金，并处或者单处1年以下监禁；对于故意违法者，处以每天5，000至50，000美元的罚金，并处或者单处3年以下监禁，累犯加倍；对于明知自己的违法行为将会致使他人死亡或使他人身体受到严重伤害，而仍然为之的故意违法者，可处以250，000美元以下的罚金，并处或者单处15年以下监禁；单位犯罪者，处以1，000，000美元以下的罚金；对于故意在申请中提供虚假信息、故意做虚假监测记录、报告，或者故意伪造、破坏、篡改NPDES文件规定的监侧设备或方法者，处以10，000美元以下罚金，并处或者单处2年以下监禁，累犯加倍。
