从法律规范效力来看，NPDES许可证制度的法律依据为联邦法律，我国排污许可证制度是由《
水污染防治法实施细则》规定的，法律规范的效力等级存在差异。我国是在1988年开始试行水污染物排放许可证制度，对于改善我国的水环境质量并未起到特别突出的作用;未来，我国将根据环境质量状况和社会、经济、技术条件，分阶段分地区实施排放水污染物许可证制度，目前其法律地位相对较低。法律依据薄弱，法律地位尴尬，这使得我国水污染排放许可证制度十多年来一直处于一种近似于“试点”的状态。[1]
二、适用范围
NPDES许可证的规范对象包括“污染物”“污染源”“美国水体”三个要素。NPDES规定的污染物包括常规污染物（conventional pollutants）、有毒污染物（toxic pollutants）、非常规污染物（non-conventional pollutants），针对从点源排放的这三种污染物，NPDES许可证制度都分别确定了相应的技术标准和排放限度。污染源分“点源”和“非点源”（non-point sources）两类。但只有“点源”受NPDES的规制。“点源”是指“任何可辨认的、受限制的和不连续的排放或可能排放污染物的输送设施”。②包括现有源（existing sources）和新源（new sources），又分为“直接排放源”和“间接排放源”。典型的“点源”排放包括公共污水处理厂排放、工业设施排放及与城市地面径流有关的排放。③“美国水体”被定义为“能用于洲际商业的所有水体以及洲际湖泊、河流、溪涧、湿地、草滩以及天然水池等”。④事实上，该定义甚至已经被解释为包括“一年仅有几天有水或仅有湿地型植被生长的湿地”。但除非能证明该地下水与地面水有“水文联系”（hydrological connection），否则不包括地下水。地下水由各州管辖，如果各州愿意，可以适用NPDES许可证制度。
我国水污染物排放许可证制度适用于向水体排污的重点污染源和排放重点污染物的单位，适用的污染物仅仅是重点污染物，主要包括大肠菌、石油类、汞、福、铅、砷等。实际上，也是仅适用于重点污染物总量控制区域内的排污单位。这些重点区域即是“33211”地区，具体包括三河（淮河、海河、辽河）、三湖（太湖、巢湖、滇池）、两区（酸雨控制区、二氧化硫控制区）、一市（北京）、一海（渤海）即“33211”地区以及113个环境保护重点城市。[2]
这种限于特定区域特定污染物目标总量控制框架下的排污许可证制度，不能把全国水土，甚至是同一领域的水体纳入统一的严格控制之下，被打上了“头痛医头、脚疼医脚”的烙印，在环境问题多元化、复杂化的今天，往往容易陷于被动应付的境地，也有违“事先预防”的现代环保理念。
