当设定抵押的被征收土地的价值小于土地担保的抵押债务的本金和利息时，应当以抵押权人和拥有回赎抵押权的人为一方当事人和土地征收人为另一方当事人就土地的价值和土地征收人就被抵押的土地应当支付的补偿数额进行协商，协商不成时，提交土地裁判所裁决。[3]当土地征收人支付或提存给法院补偿款后，抵押权人根据债券、合同或其他依据对抵押人而不是对土地所拥有的权利和救济没有获得清偿时，该权利和救济依然有效。[4]
借鉴国外的规定，考虑我国的具体国情，建议第16条第2款修改如下：“在征收公告之前，房屋已经抵押的，房屋抵押关系终止。如果房屋的补偿款大于抵押债务的本金和利息的，补偿款首先应当用于支付抵押债务的本金和利息，剩余款项支付给房屋所有权人。征收人还应当向抵押权人额外支付抵押债务3个月的利息。”
第四，修改第31条，明确征收非住宅房屋导致的停产停业损失的补偿范围和标准
《国有土地上房屋征收与补偿条例（征求意见稿）》第31条规定：“对因征收非住宅房屋造成停产、停业的，应当给予适当补偿。”
在当前的实践中，许多省级和市级的地方性法规、地方政府规章或者其他规范性文件对征收非住宅房屋导致的停产停业损失的补偿范围和标准已经有了明确规定。例如，北京市政府2001年批复同意的《北京市城市房屋拆迁补助费有关规定》第5条规定：“根据《北京市城市房屋拆迁管理办法》第33条规定，因拆迁非住宅房屋造成停产、停业经济损失的，对被拆迁人根据被拆迁房屋的区位、使用性质，按照每平方米建筑面积500元至1500元给予一次性停产停业综合补助费。具体标准由各区、县房屋、拆迁行政主管部门制定。属出租非住宅房屋的，对承租人的停产、停业损失，由被拆迁人按照双方协议约定给予补偿；双方没有约定的，由被拆迁人参照前款规定的标准对承租人给予适当补偿。”上海市房屋土地资源局2001年发布的《关于贯彻执行<上海市城市房屋拆迁管理实施细则>若干意见的通知》第14条规定：“《上海市城市房屋拆迁管理实施细则》第45条规定的因拆迁造成停产、停业适当补偿，是指拆迁非居住房屋中用于生产、经营的房屋，由拆迁人给予被拆迁人或者房屋承租人的适当补偿。补偿标准按被拆除房屋建筑面积每平方米300～400元，由拆迁当事人协商确定。”武汉市政府2002年发布的《武汉市城市房屋拆迁管理实施办法》第40条第3款规定，拆迁非住宅房屋中的商业经营用房和生产用房，因拆迁造成停产、停业且实行房屋产权调换的，按被拆迁人上年度的平均工资水平，对被拆迁范围内直接从事生产经营的在册人员给予6个月的停产停业补偿费用。
