内部合同关系的主体范围是由农村生态环境民事合同治理的主旨决定的。它是指参与到民事合同关系中且合同的履行可能导致农村生态环境破坏的缔约当事人。农村生态环境问题的特点从事实上划出了内部合同关系主体的主要范围，即自然资源配置合同的缔约各方是主要的内部合同关系主体。
（二）内部关系之合同义务分配
设定民事合同农村生态环境保护义务是实现农村生态环境治理的前提条件。民事合同意思自治理论表明，民事合同的内容是当事人自由意思的产物。然而，当民事合同充当了农村生态环境治理工具的时候，由于生态环境义务具有的不可抛弃性，民事合同的生态环境保护义务的分配具有强制性——尽管合同当事人完全可能通过自觉协商达成。因此，民事合同生态环境保护义务往往具有形式上的自愿性和实质上的强制性。民事合同生态环境保护义务分配的基本原则是，其履约行为可能破坏生态环境者承担预防义务，另一方承担监督其履行的义务。
（三）外部关系之合同监管
由民事合同关系所生之效力具有相对性，其生态环境违约责任的追究也系于权利人的主观取舍，国家不能凭借强力主动介入合同责任追究。如果这样，民事合同的生态环境治理就会因为没有责任追求的强制性保障而落空。因此农村生态环境民事合同治理在客观上需要将民事合同的生态环境责任硬化，使其具有可通过司法强制执行。笔者认为，途径有二：一是设立国家对民事合同的生态监督制度，由国家对民事合同的生态环境义务的缔结、履行进行监督。由于自然资源权利交易合同是此处所说的民事合同的主要形式，以及目前国家规定的备案制度，可在此基础上完善备案制度。对于目前尚未开展合同备案或者出于监督成本考虑不宜设立备案制度的民事合同，则可以采取第二种途径，即设立权利转让方对受让方造成重大生态环境损害的过错追究制度来促使民事合同生态环境义务的分配。
五、构建农村生态环境民事合同治理的初步设想
（一）进一步明确自然资源所有权主体和行使主体
对于国有自然资源，应当区分国家作为自然资源所有权主体和行政管理主体的不同身份；建立国有自然资源公司管理模式，将所有的自然资源行使主体统一为全国性的国有自然资源公司，由该公司作为法定的所有权行使主体代表所有权主体从事活动，国家一般不直接行使自然资源所有权，而是作为享有公权力的行政主体对自然资源进行管理。对于农民集体所有的自然资源，鉴于农村实行村民自治的实际情况，可以继续将村委会作为所有权行使主体，未来制度完善的重点是设定农民集体所有权行使主体的权利和义务，使其能够享受利益承担义务。
（二）进一步提高自然资源市场化利用程度
自然资源的市场化利用是自然资源利用制度改革的趋势，也是农村生态环境民事合同治理的前提。国有自然资源市场化利用的关键是将自然资源开发利用的许可行政行为与许可民事合同进行区分，强化通过市场公开竞争的方式缔结许可民事合同。在国有自然资源许可民事合同中，注重农村生态环境权利义务的配置。对于农民集体所有的自然资源，应逐步扩大自然资源交易的方式和主体范围，兼顾市场主体开发利用自然资源的积极性与生态环境保护义务。
（三）对所有权生态义务的延伸进行确认
就本文主题而言，所有权生态义务延伸至少应包括以下内容：一是所有权负有之义务应当包括生态环境保护义务；二是生态环境保护义务及于整个物权体系；三是民事合同最低限度的生态环境保护目标。对第一方面的内容可以通过对“所有权负有义务”之“义务”进行扩张解释获得确定，并通过所有权的他物权发展延伸至整个物权体系；且应明确此处之义务既包括不损害生态环境的消极义务，也包括在预防原则要求下的某些生态环境保护积极义务。对第二方面的内容，可以适用《
合同法》（1999）第
七条规定中有关“社会公共利益”的规定，借助司法解释来达致。
