首先，跨行政区域环境联合执法缺乏法律依据。对于跨行政区域的水污染处理，虽然在《
中华人民共和国水污染防治法》第
二十八条：“跨行政区域的水污染纠纷，由有关地方人民政府协商解决，或者由其共同的上级人民政府协调解决。”和《浙江省水污染防治条例》第四十九条：“跨行政区域的水污染事故和纠纷，由有关人民政府或者相关主管部门协商解决；协商不成的，由其共同的上级人民政府或者相关主管部门协调解决。”中均作出规定，但这些规定都过于原则，没有明确环保部门的职责和权限以及处理机制和处理程序，缺乏实际可操作性。而杭湖嘉绍跨行政区域环境联合执法经过不断探索和实践，通过倡导企业接受非管辖地环保部门的监督，在一定程度上突破了行政壁垒，但此种“民间做法”尚存在体制上不顺、法律上不支持的弊端。
其次，各地环境监管力度有差异，互通环境信息不够。由于边界地区涉及两个或两个以上不同的行政区域，各地区间社会经济发展不平衡，导致各地在环境监管要求和力度存在差异以及在环境信息透明度方面不完全对称。跨行政区域环境联合执法机制中确立的联席会议制度虽在一定程度上发挥了积极作用，但还不能完全有效地弥补因边界相邻地区环境管理要求差异与环境信息不对称造成的双方沟通协商和信息公开、共享的不足。
再次，相关配套制度尚不健全。为了使跨行政区域环境联合执法机制更加健全、沟通更加顺畅、配合更加默契 、行动更加迅速还需建立和健全相关配套制度，如建立跨行政区域污染联合监测制度、流域性环境应急处理预案、上下游间的联动预警机制和反馈协查等机制。
四、跨行政区域环境联合执法机制的完善
基于跨行政区域环境联合执法机制中暴露出来的问题，笔者提出以下完善建议。
（一）健全法制，建立跨行政区域环境保护行政管理体制
首先，通过完善环境立法或授权等方式赋予环境联合执法机构相关行政执法权，为跨行政区域环境执法提供法律依据，使跨行政区域环境联合执法由被动转为主动。其次，建立统一的跨行政区域环境联合执法机构，科学合理界定其权责，实现执法资源的合理配置，防止管理体制内部机构不统一和部门间权责分工交叉或模糊影响环境联合执法机制效能的发挥。再次，授予基层环境保护机构更多的环境行政权，尤其是在重点跨行政区域环境污染易发区域，以便及时有效地从基层防范和解决跨行政区域环境污染纠纷，做到“近距监管、快速反应、及时处理”。
