通常来说，在每个国家都会设立专门的反垄断机构，负责查处在每个经济产业中可能存在的限制竞争（反垄断）行为。传统上，当能源行业被整体视为自然垄断行业，尤其是完全由国有垄断企业经营时，存在的往往是政企不分的管理结构和监管体系，从而整体被列入
反垄断法适用除外之列。伴随着竞争的引入和监管的放松，竞争法也开始在能源产业得到适用。例如，德国2005年新修订的《能源产业法》 (Energy Industry Act, Energiewirtschaftsgesetz, EnWG)正式废除了《反限制竞争法》(Gesetz gegen Wettbewerbsbeschr?nkungen – hereinafter, GWB'')对能源产业的适用除外制度。
这种情况下，对能源产业同时适用的能源监管法与反垄断法规范，在能源产业的治理结构中就会存在相互替代和竞争关系。例如，竞争法的适用，尤其是竞争机构有害竞争的兼并行为采取的事先阻止措施和针对限制竞争的产业结构采取结构性的手段，也会对监管结果产生影响。但是，对于自然垄断的环节，如电力输送和配送，则并不适合采用
反垄断法规定的救济手段，因为结构分拆的做法可能会导致边际成本的增加，而丧失了规模经济的优势。正是基于这两者之间的相互关系，在各国对能源监管权与反垄断执法权的配置也出现了多种模式或者组合。归纳起来，主要有以下几种：
（一）监管机构承担部分反垄断执法职能
最为常见的模式是在监管权与反垄断执法权的配置关系上，由能源监管机构承担部分的反垄断执法权，如对企业兼并的控制，或者在能源产业反垄断执法中扮演次要角色，帮助反垄断执法机构履行职责，如监督市场运行，报告违法行为，并提出决定和救济的建议。例如，美国2005年《能源政策法》就对FERC行使的部分反垄断执法权作了规定，其中第1289条就规定从事输电或发电业务的公用事业控股公司的兼并其他输电或发电企业或相关的公用事业控股公司，涉及金额超过1,000,000美元的，需要事先取得进行审查。
在这种模式下，经营者既要受到
反垄断法的规范，同时也要受到监管机构监管，经营者不能因为受到监管机构监管就豁免反垄断法律的适用。为避免两者产生矛盾，应该从行为的类型上对各自职权的范围进行划分，即各自的职权适用于一定的特定领域。例如，对于不正当定价和瓜分市场协议之类的典型垄断行为，应该由反垄断机构处理，监管机构无权查处。而对于发放许可，确立主导运营商应该收取的价格或者保证普遍服务之类的典型监管问题，应该由监管机构负责。
在澳大利亚，竞争与消费者委员会负责监管天然气上游产业的协议定价进行监管，而能源监管机构则负责监管下游产业的管道输送价格。天然气上游产业，即勘探开发活动往往是由多家公司联合组成联营企业，共同分担成本、风险，共享收益。通常，联营企业也希望以统一的条款和条件，如价格，与天然气公用事业公司和其他大用户签订长期的销售合同销售天然气，以保证稳定的现金流。而在这一过程中，协调销售的初步协议和随后的具体销售合同都可能会违反《澳大利亚交易行为法》（Trade Practices Act）有关反竞争行为的禁止性规定。因此，需要由澳大利亚竞争与消费者委员会根据公共收益超过反竞争的成本的判断，再批准相关的协议和合同。
