（一）创新水资源监管体制，实现科层结构与网络结构有效结合
传统的科层结构治水模式，在一定区域有其合理性，但是这种按行政区划治理观念导致跨流域水污染问题治理积极性降低，甚至出现无人问津的尴尬境地。因此，应当对这种模式进行突破。当前较为可行的做法是，“以流域为单位，构建由相关行政区政府领导成员组成、上级环保部门参与的专门委员会，作为流域水环境保护和建设的权威机构，下设办公室具体操作。地方政府拥有区域内人、财、物资源的相应配置权，也具有相关制度安排权，只有以流域内地方政府联盟为主体才能使流域水环境管理机构具有权威性。上级环保部门的参与有利于贯彻上级政府的环保政策，有利于协调各地关系。” 这种新管理体制既保留和发挥了“科层结构”的积极作用，又加强了流域内相关行政区的横向交流和合作以及相互间的监督，尤其用水项目的审查，应该成为流域水污染防治管理体制创新的目标模式。[27]
但是，为避免“公地的悲哀”[1]、地方保护主义等现象的发生，国家应设置高权威、高规格的流域监督管理机构，强化环境保护部门的职权，确保地方水污染治理工作有序开展，而这种机构又不受任何地方政府局部利益的牵制，能独立依法行使职权，从保护和合理利用水资源角度对流域进行科学规范和管理。当前的可行性方案是，国家可以赋予长江水利委员会以流域水污染防治和水资源的保护行使监督管理的职权，并在以后逐步通过立法对流域管理机构的设置及其权限作规定。[28]此外，还应赋予环保部门对水资源开发和利用活动中污染破坏行为的监督管理权和必要的行政强制执行权力，增强环保执法的权威性和严肃性，[29]从而才能真正实现水污染统一治理的目的。
(二)创新水资源调控机制，实现调控机制的体系化
美国水污染控制法的调控机制，是世界水污染防治的典型，已经有了一百多年的发展历史，到目前已经形成了以“命令控制”为主，以“经济激励”为辅，以“公众参与”为补充的水污染防治的调控机制。命令控制机制，是美国水污染控制机制的主导，表现为由联邦机构制定水污染控制的基本政策和排放标准，由各州负责实施；经济激励机制，表现为水污染防治中的排污权交易制度，这是一种基于市场的政策工具，近年来有进一步拓展的趋势，但是由于水污染成因的复杂性和经济激励作用的不确定性，这种手段尚不能成为水污染控制的主要手段；公众参与机制，是前两种机制的有益补充，在美国，环境运动、立法听证制度、公民诉讼制度是公众参与的主要形式。[30]这种调空机制与其他技术措施的有效结合，较好的解决了美国的城市水污染问题。
当前，武汉市已经开始探索水污染生态补偿制度、废水排污权交易制度、城市污水集中处理制度和多种形式的公众参与机制。从实践效果来看，水污染生态补偿制度自2008年新《
水污染防治法》出台以来，得到不断完善和探索，尚处于起步起步阶段；排污权交易制度还没有全面展开，带有局部的实验性；污水集中处理集中体现在污水处理厂的建立，目前已建成二郎庙污水处理厂、龙王嘴污水处理厂、沙湖污水处理、黄浦路污水处理厂等四座污水处理厂，但仍不能满足工业废水和生活污水处理的需要；公众参与多是一些环保组织，但是参与的范围和国外相差甚远。因此，笔者认为，首先，应该进一步完善水污染生态补偿制度，包括完善补偿主体、明确补偿对象、实行补偿基金制度以及相应的水污染生态补偿管理和监督机制。其次，将排污权交易引入水污染的行政管理制度中，拓宽排污权交易范围，建立排污权交易三级市场，即在同一行政区域内的水污染物许可证交易市场、国内跨行政区域内的“交易”市场和不同国家之间水污染物排放许可证交易的市场，武汉当前可以尝试和拓展的是前两种。再者，加大政府财政转移力度，拓宽水污染补偿金融资渠道（如发行股票和社会捐助等），从而增加污水处理厂建设资金，这也是较为可行的做法。最后，借鉴国外的水污染防治的实践经验，使公众参与在我国相关立法中受到足够重视，诸如修改现行《
水污染防治法》、《
水法》，法律予以明确规定公众的环境知情权和建立水环境信息的公开和通报制度，使掌握信息的政府机构及时免费向公众提供相关信息，从而促进水环境保护的公众参与。
