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此外，基本法对环境保护的规定含糊不清，政治性强于法律性。欧盟法院从未将一体化原则（第2条）认定为法律原则，也未辨别过某项措施是否属于高水平保护（第2、95、174条）或有利于可持续发展（第2、6条）目标。
再者， 2002年以后，尽管煤钢共同体条约调整的产业领域归入欧洲共同体管理，但原子能共同体仍然独立于欧洲共同体之外。因此核能问题是欧共体无法触及的领域。一方面，成员国对核能基础建设与研发的过多投入引起公众的不安，另一方面，规范核风险、核辐射、核废物、核恐怖主义等严重的环境问题的法律条款尚未出现。目前，核能环境问题是欧盟环境法的盲点。
（二）欧盟环境政策和指导思想时有变化，缺乏稳定性
依据条约第2条，可持续发展与高水平保护是欧盟环境政策的总体性目标。但是，在数十年的发展历程中，欧盟的基本环境政策和指导思想并非一以贯之。特别是进入20世纪90年代以来，呈现间断性的波动，很多策略尚未落到实处便被新的指导思想代替，对欧盟环境法的发展方向造成了不利影响。这种失稳很大程度上缘于欧盟委员会的阶段性重组，没有主权国家政府政策那么稳定。
例如，1998年，加里夫进程提出将环境保护纳入欧盟政策和活动中，却未见详细策略与后续行动。2001年，欧盟委员会宣布，为推动环境保护将订立欧洲区域、相关成员国与欧共体的三方协定；却未见下文。普罗迪委员会（1999－2004）提出了“治理”理念，却未能在下一届委员会环境政策中延续。
现阶段，巴罗佐委员会（2004－2009）将“更优规制”[26]策略作为环境管理的核心理念之一，它认为，现行的环境保护法律规范已经充足，放松对环境保护及其他领域的法律规制可以增加就业，提升欧盟经济的竞争力，并最终增加欧盟的实力，同时在很多情况下，自愿的责任承担和协定可以推动企业创新和求变的能力，而不必求诸繁琐的立法与执行。由此可见，“更优规制”实际上是“放松规制”，这与《欧共体第六个环境行动规划》“以立法为核心”的理念相悖，导致了近些年来欧盟环境法发展道路的偏差。在环境问题不断恶化的今天，试图动摇环境法作为管理核心手段的地位是不可行的，这实际上违背了可持续发展与高水平保护的目标。
（三）执行成为欧盟环境法治的最大的桎梏
自欧盟环境法的运行伊始，执行就成为最重要亦是最难解决的问题。总体而言，欧盟环境法目前面临着执行不足的困境。这影响了欧盟环境法从文本法到实在法的转化。
欧盟环境法的执行不足缘于以下因素：首先，欧盟与成员国具有难以调和的利益冲突。在环境保护领域，各成员国的环境管理部门具有绝对的自主性，在很多情况下，它们甚至视欧盟环境法为发源于本国之外的外来法、舶来品。这种分立阻碍了欧盟环境法从欧盟到成员国的过渡。其次，与其他利益不同，环境利益本身没有利益集团支撑。事实上，公众是环境利益的唯一支撑，但是在欧盟现有的制度框架下，公众缺乏充分的途径表达和主张自己的环境利益需求。这导致环境法的实施得不到应有的监督与支持。再次，欧盟环境法的框架性影响了执行。这种框架性在晚近时期越来越明显，例如，1976年欧共体制定了《有关排入欧共体海洋环境若干危险物质造成污染的76/646指令》[27]，并随后以理事会决议的形式[28]决定针对数百种危险物质制定子指令，事实上，在制定了17个子指令后，该项工作宣告终结。同时，欧盟环境法中有很多概括性的法律用语：如“可持续发展”，“最佳可得技术”，“重大影响”，“高水平保护”等。可以说，以最佳可得技术为标准确定单位的排放限制，是不具有可执行性的。最后，欧盟机构本身执行力不足。欧盟委员会中没有任何科学、学术、技术、生态或社会经济的咨询机构，而农业、能源、工业、运输部门都有。而且与其他部门相比，欧盟环境部门实际上处于弱势地位。而且，欧盟环境总署处理环境法执行问题的法律组仅有30余位律师。
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