我国矿产资源税费制度与国际上通行的税费制度相比较有明显的特殊之处：一是其建立在矿产资源国家所有的基础上，并且国家对矿产资源实行严格的行政管理；二是其运行中行政权起主导作用；三是力求实现由市场去配置资源，但对市场的运用是有限的。总体而言，现行的矿产资源税费制度有着各自的理论依据，对维护国家所有权人财产利益具有积极、重要的作用，但是现有的制度还存在诸多问题，需要进一步完善以协调各主体的利益。
1．关于矿产资源补偿费。这一制度的目的是保证国家资源性资产权益的实现。国家作为矿产资源所有权人要求所有者权益在经济上得以实现，是实行矿产资源有偿使用制度并收取矿产资源补偿费的根本原因。从立法目的来看，资源补偿费的性质应为国有矿产资源损失补偿费，是矿业权人开采矿产资源向资源所有者的付费，相当于国外的权利金。存在两个方面的不足是费率低，征收金额不大，[3]无法完全实现对国有矿产资源损失补偿，调控资源高效开发的作用不明显。
2．关于资源税。我国1984年资源税制度的目的在于调节使用不同级差资源的级差收益。1994年资源税制度从计税依据上作了重大修改，规定以销售数量为征税对象，只要有销售量就要纳税，因此可以看作是基于资源有偿使用而征收的。从国外矿业国家的实践看，资源税是采矿人因开采自然禀赋特别好、能产生级差地租的矿产资源而向所有权人的支付的。现行资源税的征收不符合市场经济国家矿业税收发展趋势，偏离了资源税的本质,导致了利益分配的不平衡。
3．关于矿业权使用费。探矿本身需要有大量的经济的投入，但从结果上看有探查不到资源或资源利用价值不大的极大风险，即使发现了丰富的矿藏，其利益的实现也必须是在最低投入后转让探矿权或取得采矿权开采矿产资源过程中才能得以实现。因此，探矿权使用费不宜过高，目前的探矿权使用费不算高，基本上反映了探矿权的特点。采矿权使用费是按照采矿面积征收的，但与土地所有权无关，是取得矿产资源所有权派生的特殊物权应支付的费用，相当于国外的矿地租金，并非矿产资源的对价或使用费，主要目的是为了防止过多的“圈地”，现行法律对采矿权使用费的规定较为适宜。
4．关于矿业权价款。根据《
矿产资源法》的规定，矿业权价款至少包含以下三层含义：一是必须有国家为了矿业权形成的出资（中央财政和地方财政资金的投入）为前提；二是只有在国家出让时才成为一种现实；三是其确定要由有资质的中介评估机构的评估确定。征收矿业权价款的主要目的是避免国家的前期地质勘查投入及其收益被私营、外资等企业或个人无偿取得，防止国有资产流失。[4] 因为矿业权的形成需要相应的费用投入，矿业权使用费可以看作是缴纳矿业权形成的对价。
