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知识产权保护条款中的环境例外也是近年贸易/投资规则中的新内容，从目前包含这类条款的有限协定看，环境例外主要是为保护动物、植物和环境而限制授予某些发明专利权。典型的是WTO《与贸易有关的知识产权协议》（TRIPS 协议）第27条，第2款规定：“各成员可以拒绝对某些发明授予专利权，如在其领土内阻止对这些发明的商业利用是维护公共秩序或道德，包括保护人类、动物或植物的生命健康或避免对环境造成严重损害所必需的，只要此种拒绝授予并非仅因为此种利用为其法律所禁止。” 第3款规定：“各成员可以拒绝对下列内容授予专利权：（a）人类或动物的诊断、治疗和外科手术方法；（b）除微生物外的植物和动物，以及除非生物和微生物外的生产植物和动物的主要生物方法。”美国-秘鲁FTA、美国与中美洲-多米尼加FTA分别将此两款直接纳入。
(四)争端解决程序条款
在处理投资与环境关系的程序事项方面，美国-乌拉圭BIT、加拿大-智利BIT和几乎所有含“投资”专章的美国FTA的争端解决部分都有一个与NAFTA第1133条如出一辙的条款，标题为“专家报告”，规定：”不违背由可适用仲裁规则授权的对其他类型专家的指定，应争议一方请求，或争议方不同意的情况下依据争议方可能同意的条件和要求，仲裁庭主动指定一名或多名专家就一方行为引起的有关环境、健康、安全或其它科学问题的事实提供书面报告。”这是投资争端解决程序中仅有的关于环境的规定,其不足之处甚多,即便如此，在投资利益的最终保障程序中添加这一点绿色也是不易的。
（五）处理投资协定与环境协定关系条款
在处理投资协定与环境协定之间关系方面，NAFTA的规定要明确得多，其第104条题为“与环境保护协定的关系”，承认缔约方在有关多边环境协定下的义务与NAFTA义务冲突时，前者优先，是比较少见的，此条款也成了披着绿装的NAFTA身上的一个亮点。其后美国FTA虽然也在“环境”专章中特别说明该自由贸易协定与环境协定的关系，然而并没有明确两类协定的等级和效力关系。一方面，各方承认多边环境协定在全球和国内环境保护中的重要作用和各自实施这些协定对实现多边环境协定目标的重要性，以及各方将继续努力寻求加强多边环境协定和贸易协定之间的相互支持关系的途径；另一方面，各方承诺将来就环境事项或关于贸易规则与多边环境协定义务关系的谈判进行协商。这只是对多边环境协定及其实施的重要意义的承认，并没有实质上解决投资协定与环境协定之间的关系。
二、《能源宪章条约》关于能源投资与环境保护关系的规定
由于调整对象和范围不同，ECT在环境问题上的规定与其他投资协定有很大不同。
（一）序言条款
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