由此谈到第二个问题，就是政治科学在学科主题和研究目的上不能达成起码的一致。现在政治科学的研究主题是如此的庞杂，基本的研究目的甚至互相冲突，以至于当他们都冠以政治科学的名义时，这个名义几乎变得没有意义了。政治学到底要干什么，上面提到了一种影响最大的研究取向的回答。当然在政治学界这种见解远远不能得到普遍认同，与其并列的还有规范主义的研究取向，以及本文将要提到的企图把价值规范研究和现实制度设计结合起来的“新宪政论”的研究取向。与政治学研究的意向性相比，政治学的学科主题是更为基本的问题，但就是在这个问题上更是众说纷纭，莫衷一是。传统政治科学研究宪法或政体，行为主义把研究范围扩大到人们的政治行为，女权主义主张“个人的即政治的”，把研究范围进一步扩大到家庭，而在深受福柯权力观影响的后现代政治学者眼中，权力无处不在，所以一切问题都是政治问题。其实，研究的意向性与研究主题这两个问题是相互关联的。研究的意向性的确立有助于研究主题的明确；同样的，研究主题的明确也就蕴含了自身的意向性。因此，在“政治科学到底要研究什么”的问题上达成起码的共识，也是解决当前危机，重建政治科学的当务之急。
当代政治科学在方法论上也潜藏危机，这主要表现在政治学的地盘日益遭到其他相关学科的蚕食。前行为主义政治学主要采用历史学的文献研究方法和哲学推理的方法，到了行为主义时期，政治学在研究方法上全面向社会学的实证主义和定量分析靠拢，实际上把政治学变成了社会学的一个分支。到了当代，理性选择已经取代行为主义成为这门学科中的更流行的研究方法。理性选择以对人类行为的一个简单假设(即人们会让自己的效用最大化)为基础，通过大量的抽象，得出具有一定规律的规则和模式。行为主义解释人们行为的动机用的是心理学的模式(一种深度解释)，而理性选择的解释模式则是经济学的。理性选择比之行为主义的进步在于它明确认识到自己这一套理论是抽象模式，而非现实写真。但它的缺点也在于对它的原初假设过分自信，企图以此解释一切，在这种意义上，也企图以解释取代现实。事实上，任何理论都只是在某一个层面上、在某一个假设下谈论问题。重要的是它必须对自身的这种局限，或者对于自身仅仅是在某种基础上的理论抽象有明确的认识，而不要误以为它已经洞察了全部现实，更不要误以为该理论本身就是现实。现实本身是高度复杂和多维的，也许只有在多种理论复合的视角下我们才能看得更清楚一些。即使在这时，我们仍须时时提醒自己，我们看到的并不是现实本身，而只是我们在某种理论框架的支撑下对现实的一种理解。凯赛正确地指出了理性选择和行为主义的不足：“这两种研究方法都未认真地对待这一观点，即：政治行为的动机——实际上，最重要的动机——来自一个明显的政治或社会的源泉，来自关于什么是公正或什么在理论上(或神学上)对政体来说是正确的思想和信念。”{4}(P63-64)“基本的问题不是在人们的状况与他们的正义观点之间没有联系；而是关于正义的主张不同于——和不被解释为或降低到——从个人对私利的计较得出的设想。”{5}(P64)谈到政治科学方法论的危机，有必要再次强调政治学研究的意向性问题。“政治科学追求的知识不仅是为了通晓事理，而且是为了让公民们和立法者把它付诸实用”，{6}(P54)所以与其他如社会学等学科不同，后者的创立本是缘于一项旨在“理解人与社会的智识探索”。{7}(P54)政治科学与现实世界的特殊联系使得它必须利用社会学、经济学的知识为自己服务，而不是反过来沦为后者的附庸。当今政治科学在方法论上正扮演着社会学和经济学的殖民地的角色，这是其危机的第三个表现。
