（三）环境行政执法体制不完善。
在分析阳宗海水污染案件的原因时还有另外一个深层次问题，即我国环境行政执法体制和监管机制存在着问题。如有人认为，阳宗海汇水区隶属“两市（昆明市、玉溪市）三县（宜良县、澄江县、呈贡县）”共辖，不利于实施统一监管。按他们所说，“两市三县”共辖,环境行政执法体制不顺、职责不清、协调不力，执法监督机制不健全是导致阳宗海被污染的重要诱因。所谓的“和尚多了庙就多，庙一多了意见就多，意见多了就开始拖，拖来拖去就不了了之。不出问题大家都好，出了问题找不着主，合作起来事情难做，事情不做问题就出来了。”正如国家高原湿地研究中心的专家所说：“污染事件再次暴露出，在地方经济的发展中，环保不过是个软杠杆。地方政府的“三不查”：老百姓不上访不查、媒体不揭露不查、高层领导不批示不查，造成了环境执法中企业的“三不怕”：不怕环境监察、不怕环境处罚、不怕给老百姓造成损害。”他还说：“水污染问题，说到底，不是技术问题，不是资金问题，而是体制问题。”
按照我国环境保护法的规定，县级以上各级人民政府的环境保护行政主管部门是对环境保护工作实施统一监督管理的部门，是环境行政执法的主要方面。国家海洋行政主管部门、港务监督、渔政渔港监督、军队环境保护部门和各级公安、交通、铁道、民航管理部门，依照有关法律的规定对环境污染防治实施监督管理，具有一定的环境执法任务，县级以上人民政府的土地、矿产、林业、农业、水利行政主管部门，依照法律的有关规定对资源的保护实施监督管理，因而具有一定的资源执法任务和权力，从广义上讲也是环境执法部门。另外，经济综合主管部门、海关、工商行政管理部门、卫生行政部门、核安全管理部门等，依照有关法律、法规，也具有一定的环境管理职权，因此也应属于环境行政执法的相关部门。在执法过程中，有些问题仅靠环境保护行政主管部门一家不行，它往往需要有关执法机关协同配合。由于各环境行政机关的执法职责范围划分不够明确，相互关系投有很好得到理顺，这样就出现了好事几家相关机关争着管，有些方面的事情几家都不管的现象。这种现象在海洋污染防治、河流综合治理和有毒化学品污染事故处理等管理中经常出现。
（四）监管机制存在问题，政府职能部门监管不力、监管缺位。
《
环境保护法》第
7条规定：“国务院环境保护行政主管部门，对全国环境保护工作实施统一监督管理。县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门，对本辖区的环境保护工作实施统一监督管理。国家海洋行政主管部门、港务监督、渔政渔港监督、军队环境保护部门和各级公安、交通、铁道、民航管理部门，依照有关法律的规定对环境污染防治实施监督管理。县级以上人民政府的土地、矿产、林业、农业、水利行政主管部门，依照有关法律的规定对资源的保护实施监督管理。《
中华人民共和国环境保护法》第
11条规定，“国务院环境保护行政主管部门建立监测制度，制定监测规范，会同有关部门组织监测网络，加强对环境监测和管理。”第12条规定,“县级以上人民政府环境保护行政主管部门，应当会同有关部门对管辖范围内的环境状况进行调查和评价，拟订环境保护规划，经计划部门综合平衡后，报同级人民政府批准实施。”第14条同时规定,“县级以上人民政府环境保护行政主管部门或者其他依照法律规定行使环境监督管理权的部门，有权对管辖范围内的排污单位进行现场检查。被检查的单位应当如实反映情况，提供必要的资料。检查机关应当为被检查的单位保守技术秘密和业务秘密。” 而记者就阳宗海水污染事件采访阳宗镇镇长时，阳宗镇镇长认为，“我们阳宗镇政府更多的是搞好服务，做好各方面的协调工作。在对企业的环保监管方面，由于我们不具备相关的专业知识，无法实施监控，更多的是由环保部门来负责。” 当记者问，为什么在一个环境敏感区域内，对污染企业没有监管时，澄江县环保局一位负责人还说：“我们一直没有放松对该企业的监管，但该企业一直没有按要求落实。” 记者还获悉，除锦业公司外，阳宗海沿湖还有不少企业存在环境违法行为。当记者向当地环保官员询问，为什么环评没有通过就可以开工或营业时，有官员回答：“我们不能因为企业差某个手续就把人家关闭了吧？”这充分暴露了阳宗海事件中政府职能部门监管不力、监管缺位的的问题。云南省省长秦光荣还指出：“要吸取阳宗海事件中政府职能部门监管不力、监管缺位的教训，探索加强对生态环境保护的思路和措施，正确处理好开发与保护的关系。” 玉溪市人民政府通过新闻媒体向全社会公开的道歉中也认为，“阳宗海水污染事件的发生，暴露了我们在贯彻落实科学发展观上的差距，暴露了生态建设和环境保护工作中存在的薄弱环节，……有关职能部门存在执法力度不够、督察落实不力、审批把关不严、以羁代管、疏于监管、整治违法行为避重就轻、敷衍了事等现象，致使污染企业多年逃脱监管，违规生产，最终酿成了此次严重污染事件”。
