为公平起见，受害人采取“事实自证”原则证明损害存在时，应允许环境加害人或义务承担人证明自己具有免除责任的理由，如证明受害人主张的损害根本不存在，或加害人损害环境的行为不会引起受害人所受损害的任何可能性，或受害人的损害完全是第三人或受害人自己的过错或自然灾害等不可抗力引起的。若环境加害人不能举证，则推定受害人主张的损害事实完全成立。
2、对环境侵权行为造成的现实危险的举证
现代的侵权行为法除具有救济、填补受害人损失的功能外，还具有教育、惩戒加害人和预防损害发生、预防损害扩大的功能。[9]有的损害实际还未发生，但已对他人人身、财产构成了现实的危险和威胁，这种现实危险随时可能变成现实的损害，所以受到威胁的人可以要求制造危险的人停止侵害、消除危险、排除妨碍。但要提出这些请求，受到威胁的人必须证明现实存在潜在危险，这可能需要高深的技术和专业知识，所以举证将十分困难。有时在证据收集过程中损害可能已经现实地出现。所以为维护社会公平正义和社会公共利益，受到威胁的人只需要证明环境加害人排放的污染物到达自己所在的区域并可能对环境造成现实的侵害即可。
由于环境污染损害后果可能波及多数人的利益，且个人的力量往往过于弱小，所以为维护社会大多数人的利益，使环境使用者谨慎自己的生产经营行为，减少对环境造成的不利影响，当环境污染可能危及社会公众或社会公共利益的情况下，“检察机关或社会公益团体有权代表社会公众提起环境公益诉讼”[10]，以维护公民的环境权。当然，检查机关或公益团体提起公益诉讼时，也得举证证明环境加害人的行为已经对环境造成现实的损害，且该损害的持续存在已经现实地威胁到社会公共利益。除非环境加害人能举证证明这种现实的威胁根本不存在，否则就应承担民事责任。
（四）对环境污染行为与损害后果之间因果关系的举证责任
一般侵权行为中，受害人除证明自己受到损害的事实外，还必须证明加害行为与损害事实之间具有直接必然的因果关系。基于环境侵权行为的间接性和其损害后果的隐蔽性，环境受害人难以证明环境污染侵权行为与损害事实之间有直接因果关系。为保护环境侵权行为受害人的合法权益，《最高人民法院关于适用<
中华人民共和国民事诉讼法>若干问题的意见》第
74条规定，诉讼中当事人应对自己提出的主张提供证据，但对本条规定的几项特殊侵权诉讼，对原告提出的侵权事实，被告否认的，由被告负责举证，即实行举证责任倒置，其中就有“因环境污染引起的损害赔偿诉讼”。另外《
最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第
4条第三款规定：“因环境污染引起的损害赔偿诉讼，由加害人就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任”，这也是对环境侵权行为举证责任倒置的规定。
