第五，法院对管辖异议的区别裁定。职能管辖异议真正要解决的是对公安机关、检察院、自诉人启动诉讼的资格问题，而不是法院的受理问题，因此，从法院中立裁判、保障当事人自由充分地行使诉权的角度讲，“对于所有符合条件的起诉，人民法院都应受理”，[9]而法院在受理时需审查该案件的起诉人是否符合起诉人的资格条件。例如，检察院将被告人提起诉讼，指控罪名是侮辱罪，而《刑法》规定侮辱罪是告诉才处理的案件，则法院应审查该案件被害人是否向公安或检察机关告诉要求公诉：如果是，则法院应当受理；如果不是，则以检察院不具备起诉人资格为由裁定驳回(或不予受理)；但是如果检察院是以寻衅滋事罪起诉的，则法院应当受理，至于开庭审理中或审理后查明被告人不构成寻衅滋事罪而构成侮辱罪的，则应当听取被害人的意见，如果被害人不同意起诉的，则法院应建议检察院撤回起诉，若检察院不肯撤回起诉的，则法院应当判决被告人不构成寻衅滋事罪(无罪)。判决后，如自诉人不起诉的，则被告人不再被追究刑事责任，如自诉人起诉的，则法院应依法审理判处。相反，如自诉人以盗窃罪向法院起诉，因盗窃罪是属于公诉案件，法院应查明该案检察院是否不予公诉(包括不予立案或同意公安机关不予立案，下同)，如果未经检察院审查不予公诉，则法院应以自诉人不符合起诉人资格为由裁定驳回起诉(或不予受理)；但是如果自诉人是以侵占罪起诉的，则法院应当受理，至于审理后，发现该案涉嫌盗窃罪属于公诉案件的，则法院应将案件移送检察机关，建议由检察机关提起公诉，或者向自诉人释明，告知自诉人可以向公安、检察机关报案，由检察机关公诉；此时自诉案件应暂时中止审理，如果检察机关提起公诉，则自诉案件终止审理；如检察机关决定不予公诉的，则自诉人可以以检察机关不予公诉为由向法院自诉，此时自诉罪名可以为盗窃罪，法院可以按盗窃罪审理判处；如果自诉人仍坚持以侵占罪起诉的，则法院应恢复原自诉案件审理，并就低以自诉的罪名予以认定和判决(现实中一般不会出现这样的情形)。
除上述情形外，对于检察机关提起公诉的案件，如果被告人对公安机关或检察机关职能管辖有异议提出申请的，法院应予以驳回，但对于公安、检察机关办案人员取证程序是否合法应进行审查，如是否存在刑讯逼供情形。当然，对于专门管辖错误的，如公安机关立案侦查了应由军队保卫部门管辖的案件，地方检察院提起公诉的，人民法院应当建议检察机关撤回起诉或裁定驳回起诉，由检察机关移送有管辖权的机关处理。
综上，关于职能管辖的立法规定自身存在的缺陷，需要在再次修改《刑事诉讼法》时予以考虑，但应当看到，现实中有很多职能管辖异议并不是《刑事诉讼法》规定本身造成的，而是由相关法律及配套措施没跟上引起的。譬如说，我国《刑法》分则规定的很多犯罪都是情节犯、数额犯，需要达到相当的严重程度才能构成犯罪予以追究，而这些情节、数额要在案发当时查清是有困难的，《刑事诉讼法》在立案阶段既要实现刑事案件的输入功能，又要保证过滤功能，本身就困难重重；又如，《刑法》对于告诉才处理的案件之规定，也值得斟酌。另外，一个重要的方面还在于公安司法机关内部和外部的考核评价制度不尽合理，如，《刑事诉讼法》规定立案后有撤案、不起诉、免除刑事处罚、判处无罪等一系列纠错程序，但是，现实中，有的案件是否立案，取决于破案，能否撤案、不起诉，与信访问题、经济发展、社会稳定有着较大关联。因此，在修改《刑事诉讼法》时，既要吸收、借鉴国外的成熟经验，又必须考虑我国的现实状况，充分注意社会的承受能力和公安司法机关的实际能力。
