第二，赋予犯罪嫌疑人和被告人申请职能管辖异议权。辩护权是犯罪嫌疑人、被告人的基本权利，犯罪嫌疑人和被告人“对司法机关的管辖权提出异议，否认司法机关的管辖权，使司法机关对其的追诉失去法律效力，排除司法机关追诉的实际危害和潜在危险”，是行使防御、辩护权的主要方式之一。因此，刑事诉讼法应规定犯罪嫌疑人、被告人有权对职能管辖异议提出申请。由犯罪嫌疑人、被告人提出职能管辖异议申请的，侦查机关应当用决定书认可管辖权异议或依法决定移送案件，或用决定书驳回异议。对决定不服的，可以要求复议一次，意见不被接受时可以要求上一级机关复核。但复议和复核期间，公安等侦查机关不停止相应的诉讼活动[8]。
第三，检察院与公安机关的职能管辖划分。应赋予检察院机动管辖权。应当肯定现行公安机关与检察机关直接受理案件的范围大致是可行的，但是应当加以完善，其中有必要给予检察机关机动管辖权——检察机关有权决定将有管辖异议的案件交由公安机关立案侦查或者自行立案侦查——当然，对该决定不服的可向上级检察院申请复议。因为检察机关又是公诉机关，承担着公诉职能，所以对于检察机关以自己管辖的罪名立案的，均应当允许。如果辩方提出管辖异议，检察机关可以直接决定是否需要将案件移送公安机关处理，认为自行侦查更为有利时，可以自行侦查；这与公诉环节的增诉情形相似，检察机关本身应有监督查办的权力，否则，检察机关的法律监督职能也就会虚置。有人担心这样做，检察机关会乱办案、插手经济纠纷办案，其实这种担心是多余的，实践证明，凭检察机关现在的力量是难以承担很多自侦案件的，同时，检察机关办案是否正确并不具有最终决定权，还必须受法院的制约，如果检察机关办理的案件不构成犯罪，则需承担相应的风险，如承担赔偿的责任。检察院有权纠正公安机关错误管辖，同时承担责任。对于公安机关立案了本应由检察院立案的案件，检察院发现时，有权予以纠正，但是已经收集的证据并不必然无效，公安机关有异议的，可以申请复议或向上级检察机关申请复核，复议、复核决定应当执行；公安机关无正当理由拒不执行检察机关决定的，应当承担违法办案的责任。对本应移送检察院管辖的案件，检察院有权决定由公安机关继续侦查，公安机关继续侦查视为检察机关自行侦查，由检察机关承担相应责任。
第四，公诉与自诉案件的划分。检察院不予公诉的、且有明确被害人的刑事案件，被害人均可以自诉。告诉才处理的案件，立法本来的目的是为了尊重被害人的权利，由被害人选择是否要追究被告人的刑事责任，但是，司法实践表明，很多告诉才处理的案件，被害人自己根本无法取证，难以承担举证责任，即根本没有选择是否起诉的权利；而公安司法机关又以对此类案件无权管辖为由，不予受理立案侦查，导致案件长时间不能结案，甚至导致事态扩大，演变为严重刑事案件。因此，对告诉才处理的案件，不以情节轻重划分管辖，被害人可以选择向人民法院直接起诉，也可以向公安、检察机关告诉并要求立案侦查，公安、检察机关认为符合立案条件的，可以立案侦查，符合起诉条件，可以公诉。但应当规定，公安、检察机关在移送下一环节(包括采用刑拘、逮捕等强制措施)前，应当组织双方调解，调解成功的，作撤案或不起诉处理；调解不成的，再移送下一环节。对告诉才处理的案件，不管是自诉还是公诉，被害人有权随时决定撤回告诉，但撤回后，没有新的事实和证据，不能再次向原机关提出。告诉才处理的，由被害人告诉，如被害人没有能力告诉的，可以由近亲属或所在单位负责人告诉；近亲属或单位告诉后，如果发现被害人自己有能力告诉的，则由被害人决定确认是否告诉及向谁告诉，被害人确认不告诉(反对)的，应撤销案件或不起诉或终止审理。自诉案件和告诉才处理的公诉案件，被告人可以提起“反诉”，程序与一般互为被告的案件相似，但检察院不能成为反诉的被告人。
