第二，因事实上的争议引起的职能管辖异议。具体也包括四种情况：
一是公款与非公款的争议。这类案件最常见于村级基层组织人员职务犯罪中。立法解释将村级基层组织人员在非法占有土地征用补偿费等七种情形时视为国家工作人员，但是，上级政府将这些款项支付给村基层组织后，该款项往往与其它款项混同，性质会变得难以界定，从而导致管辖异议。如人民政府将20万元土地征用补偿款打入某村账户，而该村账户中原有资金30万元，即账户中共有50万元资金，过了段时间，村级集体开支用了10万元，账户余额为40万元，后村主任与出纳勾结挪用了20万元用于个人经营，此时，要查清村主任与出纳挪用的20万元款项性质就十分困难，由类似情况造成的管辖异议屡见不鲜。
二是委派与委托、聘任争议。国家机关、国有企事业单位人员到非国有公司企业任职，是否存在委派关系是界定其犯罪主体身份的关键。表面上，委派与委托、聘任容易区分，但是，实际情况往往要复杂得多。譬如，某国有公司与一民营企业合资成立一股份制公司，徐某原为国有企业职工，后经股份制公司董事会聘任为总经理，期间收受贿赂。由于徐某去股份制公司工作必然要经原国有公司同意，股份公司董事会中也有国有公司的代表，应属于受国有公司委派，但形式上往往没有委派的手续(事实上也无权委派)，而是由股份公司聘任。对此定性，一直存有争议。
三是对偶型犯罪中的管辖争议。受贿罪与行贿罪是最常见的对偶型犯罪，对于涉嫌受贿犯罪、行贿犯罪由检察机关立案管辖，法律有明文规定，但是由于受贿罪与行贿罪的构成要件并不相同，构成受贿罪，并不一定有行贿罪成立，这样，当检察机关在查处受贿罪时，并不能想当然地对行贿人进行立案查处，更不能对不构成行贿罪的行贿人采取必要的强制措施。而有的行贿人正是基于这样的考虑，有意作伪证，帮助受贿人脱罪，检察机关为查明原因，就需要对行贿人进行立案侦查，但伪证罪不属于检察机关管辖，如果让公安机关立案侦查，因为公安机关对受贿案件不了解(有些案件因侦查需要也不宜向外透露具体细节)，所以也难以立案查处，即使立案了，也难以根据检察机关需要进行侦查，在办案实践中往往产生很多不便。四是因查处原罪案件的管辖争议。与对偶型犯罪相似，一些职务犯罪案件是否成立是以其它罪的成立为条件的。例如拆迁户隐瞒事实、使用作废的房产证明，从拆迁办骗得房屋拆迁补偿款，如要查处拆迁办工作人员的玩忽职守行为，则必然要查拆迁户的诈骗案；而该原案的管辖权在公安机关，所以检察机关只能等公安机关查处原案后才能立案查处职务犯罪案，为此有的地方规定检察机关在查处此类案件时，可以一并查处原案，这样虽有利于案件的及时查处，但毕竟与刑事诉讼法职能管辖规定相冲突，有违法之嫌。
第三，法律适用上的争议。
一是定性争议引起的管辖异议。如前所述，司法实践中有很多案件在侦查终结之后，甚至在法庭上，对于定性仍有较大的争议，其中一部分就涉及到案件立案管辖问题，如侵占与职务侵占、盗窃、诈骗案争议，在此不再赘述，对这些管辖争议在法庭上仍未能当即解决，却要求在立案当初就予以分清，确与司法规律相违背。也有一些案件管辖异议是由于立法本身有特别规定造成的，如《刑法》第253条第2款规定：邮政工作人员私自开拆或者隐匿、毁弃邮件、电报而窃取财物的，依照本法第264条的规定定罪从重处罚。据此，邮政工作人员私自开拆或者隐匿、毁弃邮件、电报而窃取财物的行为，不再以私自开拆或者隐匿、毁弃邮件、电报罪定罪处罚，而是转化为盗窃罪，由公安机关管辖；但从科学性角度审视，此种情形如行为人为国家工作人员时，应构成贪污罪，由检察机关管辖[4]。
