司法实践中常见的职能管辖异议类型有三种。第一，因犯罪主体上的争议引起的职能管辖异议。__具体包括四种情况：
一是贪污受贿犯罪中的主体争议。这类主体争议主要是指犯罪嫌疑人本身具有双重身份，既有国家工作人员的身份，又有非国家工作人员的身份，两者之间在法律上不具有直接的关系，但实质上存在内在的委任、委派关系。最典型的就是“红顶商人”贪污受贿行为。如吴某，他既是某市城关镇的党委书记，同时又是该镇下属某集体企业的老总，其在该企业经营过程中收受他人的贿赂、挪用公款等[1]；又如周某案，周某既是某市供电局的副局长，分管后勤福利，同时又是该局职工以自然人名义出资组建的某民营公司的总裁，供电局又与该公司之间有业务往来，周某在经营公司过程中收受其它业务单位的贿赂。上述两案，虽然内在的关系相近，均由检察院立案管辖，但处理结果却明显不同：前者以受贿罪判处；后者，检察院以受贿罪起诉，法院却以公司企业人员受贿罪判处，而辩方更以管辖异议为由，要求认定无罪。
二是渎职侵权犯罪中的主体争议。前面已经论述，在渎职罪的管辖上，由于刑法第九章渎职罪的犯罪主体，都以国家机关工作人员为限，与刑诉法第2章管辖第18条第2款中的国家工作人员渎职犯罪形成矛盾，而“六部门联合规定”又支持《刑法》的规定，在实践中，常见的给国家和人民利益造成重大损失的是国有资产的流失，而造成国有资产流失的多是国有公司、企业在生产经营中行使管理职能的国家工作人员，纯国家机关工作人员由于不具体掌握国有资产、或虽掌握税收形成的国有资产，但很少对外签订合同，造成公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的情况不多。对于国家工作人员(尤其是国有公司、企业委派到非国有公司、企业单位的人员)代表国家来行使管理公共财产、国家和社会事务的，其渎职造成损失的，由谁管辖，争议较大。有的案件，检察院以玩忽职守罪立案侦查并起诉了，但法院审理后却以国有公司企业人员签订合同失职被骗罪或工程重大责任事故罪认定，如重庆綦江虹桥垮塌案[2]。
三是共同犯罪中主体争议。实践中，国家工作人员与非国家工作人员勾结共同贪污、受贿、挪用公款的案件很多，对这类犯罪一般均由检察机关立案侦查，但是，对于受委派到非国有企业的国家工作人员与该企业的非国家工作人员勾结共同占有企业财物或收受贿赂的，尤其是非国家工作人员所起的作用较国家工作人员更为明显时，如何确定共犯的身份，就存在较大的争议，导致对案件管辖的异议。
四是同一人以不同身份犯数罪的管辖异议。这类异议主要有两种情形：一是数罪均是利用职务类犯罪，如犯罪嫌嫌疑人由国家机关或国有企事业单位调到非国有公司企业任职，或由非国有企业调到国有企事业单位任职；或者由于企业改制、性质发生变化，导致犯罪嫌疑人主体身份因之改变，其在任职期间，分别利用不同的职务之便犯罪，数罪涉嫌不同机关管辖的；二是数罪分别利用职务类犯罪和普通刑事犯罪，如受贿罪与爆炸罪，受贿罪与交通肇事罪。对于上述管辖异议，涉嫌数罪是分别管辖，还是由其中一家管辖，由哪一家管辖?实践中做法并不统一，虽然“六部门联合规定”第6条作了原则规定，但以主罪划分管辖仍值得商榷，在司法实践中尤其是在立案前“次罪”与“主罪”未必泾渭分明，在立案前根据已有材料可能难以区分次罪与主罪。对此，有学者建议，应当统一由最先接到报案、控告、举报、犯罪嫌疑人自首等立案材料的机关立案侦查，另一个机关积极协助。若是在立案侦查后才发现犯罪嫌疑人还犯有其他机关管辖的罪行的，则再根据“次罪随主罪原则”确定管辖。[3]如山东省济南市人大常委会原主任、党组书记段义和爆炸、受贿、巨额财产来源不明案，在初查后，由有关部门“移交司法机关依法处理”，对于本案的爆炸案，公安机关有必要在第一时间立案侦查。
