还有，现行《刑事诉讼法》第18条规定了检察机关管辖的自然人犯罪，但并未对单位犯罪的职能管辖作出特别的规定，因为《刑事诉讼法》先于《刑法》修订，而单位犯罪是1997年《刑法》新增加的一个规定，这样，造成我国现行《刑法》贪污贿赂罪中的五种单位犯罪——单位受贿罪、对单位行贿罪、单位行贿罪、集体私分国有资产罪和集体私分罚没款物罪的管辖不明。
此外，根据《刑法》第98条规定，告诉才处理的案件，如果被害人受强制、威吓无法告诉的，人民检察院和被害人的近亲属也可以告诉。但是，在《刑事诉讼法》及“两院”的诉讼规则中，则均没有人民检察院代为告诉的规定。《刑事诉讼法》还有关于“反革命案件”的规定，而《刑法》已没有此罪名了。
第二，《刑事诉讼法》内部条文间的矛盾。主要表现在：
一是《刑事诉讼法》第83条规定与第86条规定的矛盾。第83条规定，公安检察机关只要发现有__“犯罪事实”或“犯罪嫌疑人”就应当立案；而第86条规定，法院、检察、公安机关只有认为“有犯罪事实”并“需要追究刑事责任”时，才应立案。按第86条的规定，其实已经达到起诉或有罪判决的基本要求了，这样的要求，对绝大部分案件来说，在立案阶段是难以完成的：未经侦查，如何能确定犯罪嫌疑人需要追究刑事责任?因为也有可能属于正当防卫、紧急避险或是精神病人、不负刑事责任的未成年人。
二是《刑事诉讼法》第84条与第86条存在矛盾和重叠。第84条规定：“对于报案、控告、举报，都应当接受，对于不属于自己管辖的，应移送主管机关处理”；第86条规定：“对于报案、控告、举报的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案??”两条文间内容存在重叠之处，又容易引起误解：既然都应当接受，自然必须审查，否则如何知晓是否属于自己管辖?而未经审查，又如何能确定管辖呢?
