按照毛泽东的建议，1959年9月8日，刘少奇主持召开中央政治局会议，讨论并通过了《中共中央关于特赦一批确实已经改恶从善的战争罪犯、反革命犯和普通刑事罪犯的建议》。9月14日，毛泽东代表中央提请全国人大常委会考虑该建议。9月15日，毛泽东邀集各民主党派、人民团体、文化教育界和无党派人士举行座谈会，通报并征求对特赦问题的意见。关于特赦条件，毛泽东说：“凡是改好了的，我们赦免。按照宪法，叫特赦，不是大赦。”关于为什么要实施特赦政策，毛泽东说：主要是又经过几年的发展，“人民自己站起来了，人民有神气了，问题是个人民问题”。实施特赦的条件业已成熟。
9月17日，朱德主持召开二届全国人大九次会议并通过了《关于特赦确实改恶从善的罪犯的决定》。当天，刘少奇发布《中华人民共和国主席特赦令》，宣布“对于确实改恶从善的蒋介石集团和伪满洲国的战争罪犯、反革命罪犯和普通刑事罪犯，实行特赦”《建国以来重要文献选编》第12册，中央文献出版社1996年版，第578页。这是由毛泽东、刘少奇、周恩来、朱德等党和国家领导人共同推动出台的新中国第一个特赦令。为了更具体地指导各地执行特赦政策，当天还下发了《中共中央关于特赦罪犯的指示》，对特赦的具体步骤、方法、宣传以及特赦后的安置等作出详细规定。首次特赦，释放反革命罪犯和刑事罪犯12082名、战犯33名，另有389名获减刑。自此，中央决定以后每年特赦一批战犯，1960年、1961年、1963年、1964年、1966年和1975年相继实施专门针对战犯的六次特赦，共释放战犯556名，另有90名获减刑。
（三）1975年无条件赦免全部在押战犯，这是新中国实施的最后一次特赦。在“文革”的非常环境中，中央没有放松对改造罪犯的关注。1971年5月，公安部报送了《关于抚顺战犯管理所战犯死亡情况的报告》。周恩来立刻作出批示，批评公安部疏于检查和指导，导致“战犯病亡每年增长，证明工作水平日益下降”；对病患罪犯要加强治疗，应“体现党的政策，给他们以‘特赦’的出路”。转引自任海生：《特赦最后一批国民党战犯》，《人民公安》2001年第4期。公安部意识到问题的严重性，多次召开专题座谈会落实指示，于6月28日向周恩来提交了《关于加强改造战犯工作的请示报告》，并建议在四届人大时特赦一批战犯。由于四届人大一再推延，特赦也随之推迟。
1974年12月12日，周恩来在公安部一则反映在押人员思想动态的简报上批示，要求公安部开列全部战犯名单，以便在四届人大后特赦。23日，周恩来到长沙向毛泽东汇报工作，毛泽东说：“还有一批战犯，关了这么多年，建议把这批人释放。”转引自日星：《特赦国内战犯决策内幕》，《湖北档案》2004年第4期。29日，周恩来分别在中央政治局常委会和政治局会议上传达毛泽东的指示：“四届人大之后，要实行特赦，释放战犯。”
1975年1月中旬，四届人大召开。2月25日，公安部向中央提交了《关于第七批特赦问题的报告》。2月27日，毛泽东作了长篇批示：“一个不杀”，“都放了算了，强迫人家改造也不好”。在具体政策和待遇方面特别交待：“放战犯的时候要开欢送会，请他们吃顿饭，多吃点鱼、肉，每人发100元零用钱，每人都有公民权。”“有些人有能力可以做工作。年老有病的要给治病，跟我们的干部一样治。”《建国以来毛泽东文稿》第13册，中央文献出版社1998年版，第421页。3月17、18日，四届人大二次会议讨论并通过了《关于特赦释放全部在押战争罪犯的决定》。19日，最高人民法院宣布特赦全部在押战犯名单。这次特赦，是没有任何前提条件的一次赦免。新中国先后实施七次特赦，直至彻底释放全部在押战犯，充分体现了中央“宽大政策一贯到底”的精神。
