第一，初创阶段（1957-1966年）。第一家设立驻京办事处的是内蒙古自治区驻北京办事处，成立于1949年3月，其它大多数省、自治区、直辖市的驻京办事处成于1958年至1959年间，当时共有28个省一级的驻京机构。建国之初，为了改善国民经济环境，仿效苏联的计划经济体制，推行第一个五年计划以重建经济秩序。在完成第一个五年计划后，又紧接着在苏联的援助下继续推展156个项目的重点工程建设，由于各地区所执行计划的衔接、物资的调控等许多工作需要及时向中央、国务院等有关部门汇报、进行各地工作的协调，对于计划缺口，还需相关的省市间相互的支持。为了加强地方与中央有关部门的工作联系与协作，1958年6月国务院成立各省市自治区驻京联合办事处来统辖管理。
第二，整肃撤销阶段（1966-1978年）。驻京办的任务是和中央各部门保持联系，互通情况、采购物资和催运调拨材料。从1960年开始，非生产性建设都已停止，一切工业产品和国家调拨材料的分配都完全按照计划办事，不能随便采购，各省、市、自治区驻京办事处的任务就不多了。1962年4月25日《国务院批转国务院机关事务管理局关于各省、市、自治区驻京办事处撤销和保留意见》，各省、市、自治区驻京办事处（不包括西藏），除新疆和内蒙的继续保留以外，其它各地的陆续撤销。文革开始后，驻京办事机构遭受波及。有人指各地驻京办事机构为“搞特务活动”、“到中央、国家机关到处收集情报和刺探消息”、“是省、区、市党委和政府的情报机关”。{1}1966年12月27日国务院向各省、市、自治区人民委员会发出电报，决定撤销各省、市、自治区人委驻京办事处，将原各办事处的工作人员全数撤回本省区。当时除了西藏办事处由中央另行处理外，其余27个办事处全部撤销。
第三，恢复重建阶段（1978-1986年）。十一届三中全会开启改革开放进程，将建设重心放在经济上，全国各省、自治区、直辖市与中央、国务院各机构的互动也日益增强。1978年11月8日国务院同意恢复各省市驻京办事机构，并且按照过去的做法由国务院机关事务管理局成立联合办事处，负责各办事处党的工作和行政协调工作。在这个时期，各地驻京办在北京筹建自己所属办事处与宾馆、招待所为其最主要的特征之一。1985年3月成立中共驻京联合办事处的党委来强化党的领导体制。
第四，发展阶段（1986-2006年）。这一时期，驻京办的功能从接待服务发展到为派出地提供经济服务为主。驻京办事机构不再是单纯的接待服务机构，逐步确立了以政务联络、经济协作，信息传递、接待服务等“双向服务”方针，发挥桥梁纽带和“地区窗口”作用。因此改革开放后驻京办事机构除了原有的接待功能外，成了集政务联络、信息沟通、经贸协作等职能为一体的地方派出机构。
第五，规范阶段（2006年至今）。2005年8月，新华社记者李松写了一篇关于驻京办事处的内参报道，将这个神秘机构的内幕逐一曝光。{2}国家审计署审计长李金华曾公开表示：“有的驻京办，目的就是‘跑部钱进’。跑是足字旁，还有一个‘包’，要带包去跑。这么一跑，很多问题随之产生。”有媒体为此给驻京办取了一个“蛀京办”的谐音名字。2006年2月27日，国务院机关事务管理局召开廉政工作会议，各省驻京办负责人全部到会。会议决定，由中纪委负责调研驻京办，将由国管局具体酝酿拿出驻京办的改革方案，方案首先涉及52家副省级以上政府办事处和大型国企驻京办事处的整顿与改革。{3}2008年3月初，某媒体引述国务院有关部门一位负责人的话说，“中央政府对驻京办历时一年多的调研已经结束，驻京办改革方案的最终出台还没有时间表。”中纪委专题调研小组的调研结果与李松的内参文章反映的情况有较大的出入。有关部门的工作重点，将转为对这些机构的“规范管理”。
