而司法调解同样存在着自身的缺点和不足：一是调审混合，影响了法官的自身形象和案件的公正性。目前，我国采取的是调审结合的模式，基本是由同一审判人员兼作调解法官和裁判法官，为了提高办案效率，实现案件调解率，规避诉讼风险等，在审理案件时往往会忽视调解的“自愿”原则，以压促调、以判促调、久调不决，从而损害了当事人的合法权益和案件公正性，无法保障法官的“中立性”和独立性。二是司法调解的程序设置不明，虽然现行诉讼法规定了法院调解必须遵循自愿和合法的原则，但是在调解的程序和规则等方面无法可依，随意性较大。三是司法调解的原则设置不当，现行诉讼法规定司法调解要遵循自愿，查明事实、分清是非和合法三项原则，“自愿”和“合法”原则作为根本性原则自然不存在问题，而“查明事实，分清是非”的原则则混淆了判决与调解的界限。调解是当事人行使自由处分权的一种体现，其本身就包含了对某些界限不清的事实、责任含糊不究，互谅互让，以达到解纷又不伤和气的目的。应然而言，在没有查清事实，分清责任的情况下，当事人达成了调解协议，只要不违反法律的禁止性规定，不损害国家、集体和第三人的合法利益，就应当允许并赋予其法律效力。

　　鉴于人民调解和司法调解的区别和各自的不足，长期以来，从法律层面，二者始终没有建立过或尝试过“结合”。在“三调联动”机制的推进下，最高人民法院于2009年7月24日颁布了《关于建立健全诉讼与非诉讼相衔接的矛盾纠纷解决机制的若干意见》，二者的“结合”——即衔接，才开始有了制度性安排。这也是我国人民调解和司法调解衔接机制的开端性表现。根据这些法律文书的设计，人民调解和司法调解的“结合”方式和办法主要是：

　　一是人民法院在建立健全诉讼与非诉讼相衔接的矛盾纠纷解决机制的过程中，必须紧紧依靠党委领导，积极争取政府支持，鼓励社会各界参与，充分发挥司法的推动作用；必须充分保障当事人依法处分自己的民事权利和诉讼权利；人民法院要大力支持、依法监督和加强指导人民调解组织的调解工作，在审理涉及人民调解协议的民事案件时，应当适用有关法律规定。

　　二是人民法院支持人民调解组织对民事纠纷调解后达成的具有给付内容的协议，当事人可以按照《中华人民共和国公证法》的规定申请公证机关依法赋予强制执行效力。债务人不履行或者不适当履行具有强制执行效力的公证文书的，债权人可以依法向有管辖权的人民法院申请执行。

　　三是对于具有合同效力和给付内容的人民调解协议，债权人可以根据《中华人民共和国民事诉讼法》和相关司法解释的规定向有管辖权的基层人民法院申请支付令。

　　四是对属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖的案件，人民法院在收到起诉状或者口头起诉之后、正式立案之前，可以依职权或者经当事人申请后，委派人民调解组织进行调解。调解结束后，人民调解组织应当将调解结果告知人民法院。达成调解协议的，当事人可以申请撤诉、申请司法确认，或者由人民法院经过审查后制作调解书。