除此以外，预防腐败与惩治腐败两个方面不能割裂，反腐败的预防机构和惩治部门不能单打独奏，它们之间应当形成协作共振、相辅相成的关系。从实践的层面上讲，两者的协调程度关系着反腐败的总体水平。反腐败的办案机构在惩治腐败过程中对有关政策与制度正负两面信息，尤其是政策缺陷、制度漏洞、伦理规范缺失等负面信息的把握和反馈，对预防腐败机构的工作具有重要价值；同样，国家预防腐败局主要负责全国预防腐败工作的组织协调、综合规划、政策制定、检查指导，将来逐步设立的地方和基层预防腐败机构也将行使近似职能。毫无疑问，预防腐败机构的预防政策、策略和制度设计对专门的办案机构具有重要的意义。另外，预防腐败机构不是反腐败领域的专门办案机构，没有调查案件的权力，但预防腐败机构有权力针对普遍存在的铺张浪费、欺骗、滥用权力、管理不善等问题展开调查，这类调查是研究预防腐败的需要，调查过程中发现腐败线索应当移交腐败惩治机构依法处理。反腐败坚持防惩结合，必须保持预防腐败机构和惩治腐败机构的协调一致，不断推进预防腐败与惩治腐败一体化。
能否有效地预防腐败，在一定意义上更取决于专门的预防腐败机构的职能及其实现方式。所以，人们普遍关注国家预防腐败机构的职能定位和实现机制。关于预防腐败机构的职能，如前所述，国家预防腐败局的职责是负责全国预防腐败工作的组织协调、综合规划、政策制定、检查指导，以及组织协调实施根本性、综合性的从源头上预防腐败的措施。国家预防腐败机构应当不断探索实现规划、协调、督导等预防腐败职能的有效方式，明确预防腐败工作思路，认真研究权力腐败现象、腐败规律、预防腐败政策和策略选择、制度规范和道德规范在反腐败中的作用等，尤其以研究、推动、参与和组织制度建设为实现预防腐败职能为工作重点。
首先，预防腐败机构必须依其职能视角参与和推动政治、经济和社会制度的完善与发展，围绕制约权力、规范人事、监控资金、约束从政行为，在宏观制度建设中不断完善和健全预防腐败的体制和机制，在制度层面上推进源头治理策略。预防腐败机构着眼于宏观制度的预防腐败效能建设，涉及面很广，包括深化行政审批制度改革，加强对行政审批权的规范和监督；加快推进财政管理体制改革，全面推行国库集中收付制度；建立和完善公务员考试、录用、考核、任免等一系列制度；等等。宏观制度建设通过创新体制、机制和制度，逐步铲除腐败滋生蔓延的土壤和条件，为有效预防腐败奠定了基础。其次，预防腐败机构应当探索、推动、参与和组织预防腐败制度建设，包括研究信息公开、官员财产申报、工程建设招标投标、经营性土地使用权出让、产权交易、政府采购、职业道德规范等制度的原理、对反腐败的效用以及设计、完善和健全这些制度的方法、途径。再次，预防腐败机构应当善于研究和发现政策缺陷、制度漏洞，修补和完善制度，特别需要探讨关涉资源配置等领域的制度，增加其预防权力滥用、寻租、腐败的机制性要素。长期以来，金融领域的腐败现象层出不穷，主要原因在于金融系统现行的运作程序、机制存在问题，贷审程序、制度存在易生腐败的缺陷和漏洞。人们普遍认为，金融体制以及金融系统运作程序和机制亟需革新、改进和完善，减少金融腐败必须在程序、制度等方面做文章。这实际上是世界各国资源配置领域的共性问题。俄罗斯反腐败计划包括了高薪养廉的策略，政府为此成立了特别委员会负责研究和编纂“易腐败职务目录”，并设计相关制度使那些担负资源分配、国家采购、监督管理、干部任命等领域易腐败职务的官员将享受补贴，并使享受补贴的数额与贪污风险的高低成正比，以此稳定公职队伍并减少贪污现象。
