1．明确政府机构依法设置的原则。《国务院组织法》和《国务院行政机构设置和编制管理条例》规定的国务院机构设置原则，主要有：适应国家政治、经济、社会发展需要原则；精简、统一、高效原则；《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》规定的地方各级政府机构设置原则，主要有：以职责的科学配置为基础，综合设置，做到职责明确、分工合理、机构精简、权责一致，决策和执行相协调；根据履行职责的需要，适时调整，但在一届政府任期内，地方各级政府的工作部门应当保持相对稳定。
按照推进依法行政、建设法治政府的要求，应当总结机构改革的经验，借鉴国外有益做法，重视国务院和地方政府机构的法治建设，在修改上述法律、法规时，把依法设置政府机构也作为国务院机构和地方政府机构设置的一项原则，明确规定非因法定事由并经法定程序，国务院和地方政府机构、职能和人员编制不得随意更改或变动。
2．进一步确立国务院和地方各级政府行政机构的法律地位。从目前情况看，国务院办公厅、组成部门、直属机构、办事机构的设置有宪法或《国务院组织法》的依据，而国务院组成部门管理的国家局、有的议事协调机构等，虽经全国人大审议批准或国务院全体会议审议批准设置，但严格说来，法律还未明确规范。在地方，部门管理机构、直辖市人民政府派出机关等，也缺乏明确的法律地位。因此，在修改上述法律、法规时，应确立部门管理机构、议事协调机构和直辖市人民政府等机构的法律地位，并将2008年《企业国有资产管理法》中确立的直属特设机构国资委单独列出。
3．规范国务院和地方各级政府机构的类型和名称。国务院行政机构的类型和名称，分别由《宪法》、《国务院组织法》、《国务院行政机构设置和编制管理条例》、《国务院工作规则》和《国务院机构改革方案》规定，但不统一。如《国务院机构改革方案》中规定，国家信访局和国家煤矿安全监察局属于“部委管理的国家局”，但国务院办公厅、国家安全生产监督管理总局不是部委；又如，《国务院关于部委管理的国家局设置的通知》中使用“部委管理的国家局”，而在《国务院行政机构设置和编制管理条例》中却使用“国务院组成部门管理的国家局”等。在地方，地方政府各类机构的分类、名称也不规范。因此，应通过修改相关法律、法规予以规范。
