国务院改革，以转变政府职能为核心，着力理顺部门职责关系。主要有以下特点：一是加强和改善宏观调控以及重要领域的管理，促进科学发展。二是着眼于保障和改善民生，加强社会管理和公共服务部门建设，切实解决人民群众最关心、最直接、最现实的利益问题。三是探索实行职能有机统一的大部门体制。[1]对一些职能相近的部门进行整合实行综合设置，整合完善重要行业管理体制，加强与整合社会管理和公共服务部门。
但是，面对新形势新任务，现行国务院机构还存在一些不相适应的方面。主要是国务院有的部门、单位的职能配置和机构设置还不尽合理，部门、单位职责交叉、权责脱节等问题仍然存在，有些部门、单位间的协调配合不够等。因此，应当深化国务院机构改革。
1．根据形势任务的发展变化适时调整某些机构。国务院机构改革要坚持积极稳妥、循序渐进方针，做到长远目标与阶段性目标相结合、全面推进与重点突破相结合，处理好改革发展稳定的关系。随着行政管理体制改革的深入，有的机构、单位还可以根据形势任务的发展变化适时进行调整。
2．改革国务院或国务院部门、单位的直属事业单位。按照政事分开、事企分开和管办分离的原则，应对直属事业单位进行分类改革。主要承担行政职能的，逐步转为行政机构或将行政职能划归行政机构；主要从事公益服务的，强化公益属性。还要抓紧研究提出事业单位分类改革的指导意见及配套措施，确保各项改革相互衔接，协同推进。
其中，对有些经法律、法规授权主要承担社会事务管理职责的国务院直属事业单位的改革，要抓紧研究。如银监会、证券会、保监会等监管机构，既不是国务院行政机构，又不同于从事教育、科技、文化、卫生等一般公益性服务的事业单位，不仅有监督管理等行政职能，同时又有依法制定规章、裁决等准立法、准司法职能，与国务院行政机构的宏观调控、社会管理、市场监管和公共服务等职能，也不完全一样，是否作为独立的国务院机构抑或其他机构综合设置抑或仍然分别设置，需要专门论证。
3．合理设置议事协调机构。按照要求，要撤销与职能部门工作交叉重复的议事协调机构及其办事机构，任务交由职能部门承担，如逐步撤销西部开发办、振兴东北办，具体工作由国家发改委承担；临时性工作任务基本完成的议事协调机构，应当予以撤销，如国务院三峡办，工作任务完成后要撤销。议事协调机构日常事务能够依托现有部门工作机构的，一般不应设实体性办事机构，如国家减灾委，具体工作由民政部承担。要进一步规范议事协调机构的工作任务和程序，将工作重点放在议大事、抓协调上，不代替职能部门工作。[2]。
4．完善垂直管理体制。垂直管理部门包括中央垂直管理和省以下垂直管理两种。前者如海关、国税、金融、民航、外汇管理等，后者如工商、质监、技监等。完善垂直管理体制，要调整有关垂直管理机构，进一步理顺和明确权责关系。2008年10月国务院决定将食品药品监管机构由省级以下垂直管理改为由地方政府分级管理、业务接受上级主管部门和同级卫生部门的组织指导和监督；2009年2月28日十一届全国人大常委会第七次会议通过的《食品安全法》，在法律上确认了上述管理体制。
