刑事程序法治原则是科学构建刑事诉讼制度的基本指导方针。在刑事诉讼中要坚持这一原则，就要求参与诉讼各方牢固树立法律至上、程序至上的意识，尤其是对国家专门机关而言，法无明确授权不可为，行使法定职权时必须严格遵守法律的规定和程序的要求，对公民依法享有的诉讼权利必须予以尊重和保障。
总之，尊重程序法律规定，恪守刑事诉讼程序，乃是刑事程序法治的基本要求。但是长期以来，受程序无用和程序附庸等观点的影响，在我国的刑事司法实践中，程序的价值却未得到应有的尊重，程序性违法行为，例如非法取证甚至刑讯逼供时常发生而且得不到有力的制止。因此，为了贯彻并实现刑事程序法治，就必须要明确程序违法的法律后果，建立程序违法的制裁制度，通过对程序违法者不正当利益的剥夺促使其遵守法律所规定的诉讼程序，从而体现程序法的权威性、强制性和义务性。检讨我国现行刑事诉讼立法与实践，具有程序制裁性质的规定有一些，例如上诉审法院针对一审法院违反法定程序行为撤销原判、发回重审的做法，以及最高人民法院、最高人民检察院通过司法解释确立的非法言词证据排除规则，但总体而言，制裁的范围比较狭窄，制裁的手段比较单一，而且实际执行的力度不大，效果不佳。为此，应当进一步明确程序违法的后果，扩大程序性制裁的范围，使其能够涵盖所有严重违反刑事诉讼程序的行为。特别要明确的是，侦查阶段的严重程序违法行为如超期羁押、刑讯逼供、侵犯律师合法权利等，是程序制裁关注的重点。同时要丰富和增加程序性制裁的手段和方式，从其他国家的做法来看，程序性制裁的方式主要有撤销原判、排除非法证据、终止诉讼、诉讼行为绝对无效、诉讼行为相对无效、从轻量刑六种。[8]在统一认识、坚定决心的基础上，我们要认真研究司法实践中程序违法的形式和原因，并借鉴国外有益的经验和做法，逐步建立起适应我国国情，能够适用于侦查、起诉、审判等不同诉讼阶段，轻重有别、手段多样的程序性制裁系统。
三、遵循诉讼运行规律，理顺控诉审判关系
刑事诉讼制度的科学构建，应当以对诉讼客观规律及其内在运作机理的科学认知为基础。其中确立“诉”在诉讼中的主导地位，充分理解“诉”的现代性内涵，尊重和遵循“诉”自身的运行原理和要求，从而能够以“诉”的视角审视我国刑事程序的设置和运作，正确认识侦查与起诉、起诉与审判之间的应然关系，对于构建科学的刑事诉讼制度至关重要。
刑事诉讼中存在两种基础关系：一种是国家与个人之间的具体的刑罚权关系；另一种就是“诉”，它是请求法院确定是否就被告人的特定行为给予其刑事处罚和如何进行刑事处罚而进行的诉讼关系，即裁判者与被裁判者的关系。在上述两种关系中，刑罚权关系更为注重对刑事诉讼本质的探究，主要着眼于政治哲学的分析；而“诉”的关系则是在刑事诉讼中体现得更为基础的一种技术性设置，这一点对我国刑事诉讼制度的科学构建来说更为重要，因为它足以直接作为建构真正的“诉讼”制度、“诉讼”程序的理论工具和模型。正是以“诉”的理论为基础，现代诉讼才得以体现出其内在“质”的规定性并区别于其他解决纠纷的方式。按照我国古代的术语，所谓“诉，告也”，“讼，争也”；“诉讼”就是以言词表现的纷争。与西方“程序”的表达相比，“诉讼”一词更加突出“诉”的缘起和控、辩、裁的三方法律关系。所谓没有原告就没有被告，没有原被告就没有法官。“两造具备，师听五辞”。诉讼的原初含义清楚地表达出诉讼缘于“诉”并围绕“诉”进行的道理。但在诉讼史上，“诉”也并非一直扮演如此重要的角色。在封建纠问式程序中，严格说来，犯罪的追究其实与“诉”无关，官府集控告、侦查、追诉、审判、执行诸项职能于一体，诉讼初始意义上的原告与被告相争、法官居中裁断的三方法律关系异化为追究与被追究两方，罪案的处理是按照“国家——个人”二元对立的上下位纠问模式进行的，被告人沦为诉讼的客体，是被追究的对象。只有当资产阶级批判封建的纠问式诉讼，实现控审分离、审检分立，贯彻不告不理，完成诉讼形态的回归时，“诉”才重新具有了导引程序展开、贯穿程序始终的灵魂作用。
