第四，在合作开发项目的建设过程中，合作方完全可以根据实际情况随时增加投资；但在股权注资情况下，如果股东想为公司的经营增加投资，只能以增加注册资本的方式，而该增资行为要符合法定的程序。
第五，正因为项目的特定性，因项目合作开发投资而设立的项目联营体没有长期存续性，项目合作开发结束后，无论是项目公司还是合作协议都可能被解除。但因股权注资行为而成立的股权关系具有长期存续性，会随着公司的长期稳定存在而存续。
第六，项目合作开发投资的资本收回相对容易，合作各方可以在合作目的无法实现的情况下，依照合作协议收回各自投入的资本；而在股权注资后，收回资本的行为则要慎之又慎，由于投入公司的资本转化成公司所有的财产，股东不可以擅自抽逃已注入公司的资本。若在公司验资注册后，原缴纳出资的股东未经合法程序（如合法减资等）的情况下，私自撤走原依法投入公司的注册资本，则构成抽逃注册资本。
二、“投资款”与“欠款”的转化
在项目合作开发投资关系中，各投资方投入资本的性质为投资款，用于项目的建设开发，但当项目合作的目的无法实现，投资各方则要收回各自的投资，此时各方签订还款协议，约定各方之间的资金安排，包括还款方、还款数额、还款方式、还款期限等。一旦还款协议签订，各方之间的投资关系就变成了债权债务关系，之前投入的投资款也就变成了欠款。当债务人无法如期偿还欠款时，债权债务双方可约定任何担保方式或还款安排。
项目合作开发中，各方合作的方式通常有两种，一种是建立项目公司，由投资各方出资设立一个新的法人，即项目公司来负责特定项目的开发建设，这种方式也称为法人型联营；另一种是投资各方并不组成新的法人，而是以合作开发合同为依据，对该特定项目进行合作经营，具体的合作方式、投资比例及利润分配比例等权利义务均由合作协议约定，这种方式也称为非法人型联营。而房地产项目的合作开发是指具有土地使用权、开发资质、建设资金等要素的不同当事人之间共同出资、共同经营、共担风险、共享利润的合作建房行为，其合作方式通常也是上述两种方式。合作方式不同，则意味着合作开发行为的性质也不同。在以设立项目公司进行联营的情况下，项目公司的设立要受《
公司法》的调整，合作各方就是公司的股东，其权利义务要受公司章程而不是双方的合作协议来约束，合作各方投入的资金转化为公司资本，各方对外也不再承担合作协议约定的连带责任，而是以项目公司注册资本为限，对外承担责任。相反，在非法人型联营的情况下，合作协议是合作各方进行合作的依据，合作各方投入资金后对外承担连带责任，其合作行为和他们的权利义务受《
合同法》调整。
