另外，从作证的保障制度上看，证人作证有证人保护和伪证刑事追究的体系保障，而被害人作证却没有相应制度保障。刑事诉讼法第49条就证人的保护而赋予了司法机关保护义务，根据该条规定，人民法院、人民检察院和公安机关应当保障证人及其近亲属的安全。对证人及其近亲属进行威胁、侮辱、殴打或者打击报复，构成犯罪的，依法追究刑事责任：尚不够刑事处罚的，依法给予治安管理处罚。对证人的保护有利于证人履行出庭义务并如实作证，保障司法公正。同时，无论证人是否按照有关规定签署证前保证书，都不妨碍在证人伪证的情况下依据刑法第305条追究其伪证罪的刑事责任。值得注意的是，刑法第305条规定伪证罪之犯罪主体仅仅限于证人、鉴定人、记录人、翻译人，即使被害人有意伪证也无法追究其刑事责任。有论者认为，被害人陈述有意歪曲、捏造事实的，可以刑法第243条规定之诬告陷害罪处置。考察该法条之适用条件却在于主观目的上的意图陷人入罪，而在被害人陈述之有意歪曲、捏造事实的目的系为被告人谋取利益的情况下，该法条无法适用。何况该诬告陷害罪之主体明确为诬告，即其犯罪主体应为控告人、举报人、检举人、报案人、自诉人等。在公诉案件的法庭审判阶段中，即使被害人有意伪证陷人入罪，在其本人并非引起本案程序的控告人、举报人、检举人、报案人的情况下，以不得以诬告陷害罪追究之。因此，现行法律并未有预防被害人伪证的制度保障，这显然是一个立法疏忽，并使被害人陈述的保障措施有别于证人证言。立法上的疏忽远不止如此，相对于证人作证的保障制度，被害人陈述不仅没有预防伪证的有效措施，而且也没有对被害人作证之人身保障制度。刑事诉讼法第49条赋予了司法机关保护职责，但其保护对象仅限于证人，而疏忽了在证据法上的实质证人——被害人的保护问题。
