针对推定与推论、推理的关系，有学者作了区分，认为推理是由一个或几个已知的判断（前提），推导出一个未知的结论的思维过程，是调查主体查明案件事实的主要方法；推论是推理的具体运用，但与推理不同的是，它不是“发现”，而是“论证”。张保生教授指出，推论与推定的区别主要在于：在是否使用证据上，推论必须有证据证明，推定则无须；从形式上看，推论是逻辑的推想过程，推定是一种暂时性的假定，是可以反驳的；从效力上看，推论要受到证明标准的限制。
关于推定的适用范围，宋英辉教授提出不能在刑事法领域适用推定，原因有三：一是刑事法涉及利益的重大性；二是刑事法基本原则是控方负证明责任；三是刑事诉讼中进行事实推定，公诉的风险大，而且可能导致公权力滥用。张保生教授指出，推定的价值追求不能承载刑事证明的重任。但是，更多的学者赞成在刑事诉讼中可以适用推定，只是应当对推定的适用范围进行严格限定。有学者认为，司法实践中离不开推定，现在的问题是实践中对推定问题认识混乱，希望能够就已经达成共识的部分做出司法解释。法律上创设推定应当具备三个必要条件：证明非常困难；基础事实和推定事实之间有必然联系；被否定一方有反驳的可能。有学者进一步提出从以下几个方面限制推定：考虑必要性条件，严格控制范围；对主观要件的证明极其困难的情况；在社会上具有可接受性；基础事实和推定事实有高度的或然性；给被告人反驳的机会。
二、刑事证明责任的问题
证明责任问题在我国争论得较多，对于证明责任的具体含义，存在着不同的意见。孙长永教授认为，学界的分歧源于证明责任这个词的翻译，最开始译自日本的为“举证责任”，后来译自俄罗斯的为“证明责任”。证明责任既不是权利也不是义务，它只是法律的事先分配，不存在倒置、转移的问题。他指出，建立证明责任制度在我国存在三个难题：一是控审分离原则在我国并没有实行，二是疑罪从无在我国不能完全实行，三是不具备被告人履行证明责任的现实条件。英美法中无罪推定的“罪”和我们理解的“罪”是不一样的，犯罪构成要件和无罪辩护要件共同构成入罪要件和出罪要件。入罪要件成立后，如果被告人提出精神病等积极抗辩，就要承担证明责任。我国刑法上的犯罪构成理论是封闭的，四个要件一旦得以证明就构成犯罪，如果要检察机关承担全部要件的证明责任，我国的检察机关承担的责任比英美国家控方的责任还要大。他主张在特定情况下，被告人负有提供证据的责任，只要被告人提供的证据使得法官对被告人是否构成犯罪产生疑问，检察机关就要承担证明责任。
