从价值衡量来看，国家公诉存在以下弊端，只有通过协商处刑制度方可减少：

　　1、加剧社会关系损害，与恢复性司法的价值追求相左。在刑事司法实务中，经常有刑事被害人请求司法机关对犯罪人从轻、减轻或免除刑事处罚，但凡所涉之罪系重罪，往往不被司法机关纳入“从宽酌定情节”的范围予以考虑和支持。原因是：我国的刑事司法制度建立在“由国家司法机关代表国家意志对犯罪行为行使追诉权、量刑权和处刑权”的理论基础上，在“国家意志说”的统领下，被害人的意愿和意见不能左右和改变国家意志对犯罪人进行刑事处罚。自刑事公诉制度出现伊始，其为消除同态复仇起到了不可替代的作用，但也抑制了人们通过“以人为善，以和为贵，以德抱怨，宽以待人”的善良心地修复受损社会关系功能的发挥。

　　2、无视被害人善良诉求，极端对立公法与私法。刑事犯罪侵害直接客体后，权利人要求怎样处罚犯罪人，是刑事处罚必须满足的第一位次诉求。当然，如果其要求高于国家意志，则应受到必要限制，应受到“罪责刑相适应原则”的限制。相反，如果其要求低于国家意志，则无必要过度限制。国家公诉显然注重前者而没有照顾后者，公法独裁完全消灭必要的私法自治。

　　3、消耗司法资源，疲于追诉犯罪。刑罚本身对于恢复被犯罪所破坏的社会关系的作用是有限的，对于消灭犯罪现象的作用也是有限的。有限的司法资源相对于大量的犯罪行为而言永远都是有限的。况且，国家投入的司法资源再多，也无法满足追诉犯罪的实际需要，因为相对于某一犯罪的个人，或者某一犯罪行为，国家投入相应的司法资源往往要达数倍甚至数十倍。即使再富裕的政府，如美国政府，也无法承受如此巨量的司法资源消耗。[⑦]

　　4、加剧社会内耗，延缓社会生产力提高。社会矛盾消耗社会生产力、阻碍生产要素功能的发挥，减损物的效用，削弱“人”的功能。刑罚是解决社会矛盾的利器，其通过预防潜在犯罪发生而发挥积极作用，但其对现实犯罪进行制裁的同时却产生了消极作用：经济刑，剥夺犯罪人的生产资料；自由刑，限制人的创造性、积极性和主观能动性；生命刑，彻底消灭人的生产要素作用。在刑事领域，无论我们对犯罪人科以何种程度的刑罚，被犯罪行为所侵犯的利益——生命、财产、公众利益往往是无法恢复的。客观上的第一次伤害已经造成，并且无法恢复，刑事处罚又造成客观上的第二次伤害。尽管国家公诉披上了文明的外衣，其仍然是以国家之名行“替代复仇、报应罪过和以暴制暴”之实。古今中外，轻重刑典之争论，宽严相济之主张，吵嚷嚷、闹呼呼，根本原因是：刑罚发挥积极作用的同时，是否也应当减少消极作用？“缇萦女令汉武帝除肉刑”即发端于此。社会转型、矛盾多发时期，社会内耗已然严重，倘若依然抱着“国家追究，有罪必罚”的宗旨对待犯罪和犯罪人，势必加剧内耗，延缓社会生产力的提高。