如果说，审判委员会尚是正式的审判组织，在法律上有明文规定，其行使职责尚具有合法性。那么，庭长、院长审批案件制度以及庭务会决定判决结果的制度就完全没有法律根据，是一种刑事隐性程序。我国学者提出：“刑事隐性程序是相对于国家公开颁行的法定的刑事诉讼程序而言的，是指公安、司法机关在办理刑事案件时所遵循，但并不向外界公布的非法定的程序和规则。”[16]隐性程序的特点是非法定性、习惯性以及在某些情况下的隐蔽性。有些所谓刑事隐性程序实际是内部规定，对外不公开。例如，庭务会制度和案件审签制度就是典型的隐性程序。庭务会并不是法定的审判组织，它是法院内部业务审判庭总结与部署庭内行政公务的会议。庭务会在各级法院业务庭都普遍存在。而且，部分法院的庭务会逐渐把研究案件作为庭务会的主要内容，并将庭务会扩大到所有审判人员、书记员等。庭务会一般在合议庭评议前甚至开庭前进行，参与者均可发表意见。对庭务会研究案件情况一般要记录，其最终意见或多数意见对合议庭并无约束力，但对合议庭评议有重大影响。合议庭成员评议时，必须服从组织的意见，庭务会最大的特点是：法官集体在审判案件上主导法官个人，是典型的行政会议。而案件审签是指法院内部实行的合议庭或主审人向庭长、院长逐级汇报，由庭长、院长对案件全面审核并签发裁判文书的习惯做法。审签的目的在于对案件质量进行把关，对裁判文书进行修改，统一司法文书，防止法官或合议庭徇私舞弊、枉法裁判，控制法官的审判权。庭长、院长对审签的案件一般不参加审理，但可以否定合议庭或独任庭的意见，以指令合议庭复议或提交审判委员会讨论的方式对合议庭的意见予以改变。审签制度的最大特点是类似行政首长负责制中的拍板决策，庭长、院长实质上成为审判机制中法官的指挥者。[17]由于上述隐性程序的广泛存在，基本上剥夺了合议庭对案件的决定权。在这个意义上说，我国目前的合议庭是有名无实，成为审判活动的事务性组织。
我国法院内部管理的行政化，是因为长期以来对法院作为审判机关具有不同于行政机关的特殊性缺乏科学认识所造成的。把法院混同于普通行政机关，按照行政管理方式管理法院。这种做法应当加以纠正。笔者认为，克服法院内部管理的行政化，归根到底是要还权于合议庭，使合议庭真正成为行使审判权的审判组织。与此同时，取消庭务会制度和审签制度。庭长、院长不应干涉合议庭的案件审理，而只负责法院内部的行政性事务。此外，关于审判委员会的存废，在学理上争议较大，归纳起来，主要有五种观点：一是认为应当废除审判委员会，理由是现时的审判委员会制度容易产生审判脱离、暗箱操作、破坏回避制度、议事不规范、难保审判质量、降低合议庭成员的责任心、不利于提高法官素质、无法究错案责任等弊端，而且，审判委员会所具有的人员组成的非专业性、讨论方式的间接性、秘密性是难以克服的弱点；二是主张分解现时的审判委员会，即各个法院建立数个专业委员会，专业委员会由各个审判业务庭具有专业知识和丰富审判经验的法官组成，分类讨论刑事、民事、经济、行政案件中的重大、复杂疑难案件，院长或副院长按其专长和分工分别参加各专业委员会并主持会议；三是保留审判委员会，但应改变其职能，即逐步取消审判委员会决定案件的裁判职能，增加审判工作的咨询职能；四是认为审判委员会应当保留，但应限制其职权围，即限制审判委员会讨论决定案件的职权；五是认为审判委员会应当保留，且保留现有的职权范围，但应完善相关制度。[18]尽管对审判委员会存废其说不一，笔者的观点还是倾向于在条件具备的情况下取消审判委员会。审判委员会即使存在，也应当终止行使裁判权，[19]实现“去裁判功能化”。因为审判委员会凌驾于会议庭之上，有损于合议庭的正常运作。只有取消了审判委员会，使合议庭完全行使审判权，法院内部管理的行政化倾向才能彻底克服。
除法院内部管理的行政化以外，在上下级法院之间也存在行政化倾向。上下级法院之间的关系是一种审级关系，各级法院在案件审级上是互相独立的，各自依法行使其职权，不受干扰。正是通过这样一种审级的制度设置，使同一个案件经过若干个不同审级没有隶属关系的法院的审理，以保证判决结果的公正性。但在我国目前的司法实践中，审级关系异化为行政隶属关系，出现司法等级化的现象。[20]有些人还公开主张上级法院对下级法院实行垂直领导。[21]各种司法等级化，破坏了审级关系，是法院行政化的重要表现。上下级法院关系的行政化，在案件请示制度上表现得最为充分。案件请示制度是指下级法院对在审判过程中发生的疑难案件，在某些情况下也包括一些重大案件，向上级法院请示。若上级法院对请示案件没有把握还会再向上级法院请示，以至于逐级请示到最高法院。上级法院通常会对请示案件提出意见，也有个别的作出批复，这种对请示案件的批复就成为司法解释的一种形式。例如被告人张冬生等人强奸案，发生在辽宁省鞍山市，被害人徐某时年12岁，通过网上联系分别与张冬生等6名男青年发生性关系，被告人辩解被害人貌似成年人，并慌称年龄，而被害人的年龄并不明知。鞍山市立山区和千山区人民检察院分案对这6名男青年以强奸罪起诉。因涉及法律适用问题，基层法院向鞍山市中级人民法院请示，鞍山市中级人民法院又向辽宁省高级人民法院请示，辽宁省高级人民法院再向最高人民法院请示。最高人民法院于2003年1月8日经审判委员会第1262次会议通过《关于行为人不明知是不满十四周岁的幼女双方自愿发生性关系是否构成强奸罪问题的批复》。该《批复》指出：“辽宁省高级人民法院：你院《关于行为人不明知是不满十四周岁的幼女而与其自愿发生性关系，是否构成强奸罪问题的请示》收悉。经研究，答复如下：行为人明知是不满14周岁的幼女而与其发生性关系，不论幼女是否自愿，均应依照刑法第236条第2款的规定，以强奸罪定罪处罚；行为人确实不知对方是不满14周岁的幼女，双方自愿发生性关系，未造成严重后果，情节显著轻微的，不认为是犯罪。此复。”在一定程度上，案件请示成为上级法院了解并指导下级法院审判工作的一个重要途径。除上述正式的案件请示以外，还存在大量非正式的，以法院个人名义私下进行的案件请示。由于错案追究制的推行，下级法院的法官担心被告人上诉以后上级法院改判，从而受到追究。因此在案件判决以前，主动向上级法请示，力求判决结果不被上级法院改判。案件请示制度当然在法律上没有，也不可能有明文规定，但由于在司法实践中普遍存在，并且通过司法解释得以规范化。1986年3月最高人民法院下发了《关于报送请示案件应注意的问题的通知》，该通知将请示汇报的案件范围限定在“少数重大疑难、涉及到政策法律界限不清、定罪及适用法律不易把握的案件之内。1990年8月最高人民法院又下发了《关于报送请示案件应注意的问题的补充通知》，规定报送请示的案件必须事实清楚，证据确凿，事实与证据由请示法院负责；凡属认定事实及鉴别证据问题，要求请示法院应当自行查清或进一步鉴定，不要上报请示；对于量刑问题，除个别案件影响大确实需要请示的以外，均应由各高级人民法院自行处理。这些规定，都试图对案件请示的范围加以限制，但由于存在案件请示这样一种隐性程序，下级法院在遇到各种问题的时候都会加以利用。在某些情况下，甚至用来作为排除地方干预的一种手段，令人啼笑皆非。[22]除下级法院向上级法院进行内部案件请示以外，上级法院对下级法院审理的案件主动介入，甚至干预的情况也时有发生。
