商主体立法基于法定强制原则产生的商主体法定强制，要求企业形态法定化。但是我国目前以独资、合伙和公司的组织形式为主导的企业组织形式过于单一、体系过于封闭，人们选择企业形式的范围过窄。在新的《合伙企业法》修改之前，在我国法律尚未确定有限合伙这种企业组织形式的情况下，深圳市人大常委会早在1994年颁布的《深圳经济特区合伙条例》就允许在深圳经济特区设立有限合伙企业，而北京市人大常委会于2000年制定的《中关村科技园区条例》也规定了风险投资机构可以采取有限合伙形式，此外上海、苏州、珠海等地也有类似的地方立法。对此，大多数学者认为这些地方法规与《立法法》和1997年《合伙企业法》有冲突，违背了商主体法定原则。也有一部分学者从商事立法体系的开放性角度予以探讨，如有学者认为“只有投资者意思自治与企业形态法定化二者的良性互动，才能推动着企业的日益繁荣。”[18]尽管新的《合伙企业法》已经将有限合伙纳入其中，但比起国外立法所确立的有限合伙、普通合伙、无限公司、两合公司、股份两合公司等多种企业组织形式而言，我国可供投资者选择的企业组织形式范围要小得多。而且从制度创新的角度来看，美国从投资者现实的制度需求出发，扶持中小企业灵活多样的合伙制企业组织形式，值得我国学习与借鉴。我国目前的商主体立法实际上仍然固守商主体法定化的原则，从而造成了商主体法律体系的封闭性，抑制了实践中对于企业组织形态的创新。正因为如此，我国社会实践中出现的“合作社”因为其法律地位不甚明确，而常常被定性为私营企业或公司企业，或者在商事活动中得不到其他商主体的承认，严重阻碍了这种组织形式的健康发展。
第四，忽视“具体商行为”的特殊性，缺少“抽象商行为”规则。在大陆法系的商法理论中往往存在“抽象商行为”与“具体商行为”之分，近年来我国学者也开始使用这一对概念。就我国商行为的立法现状看，由于尚不存在一个具有商法总则性质的法律，所以我国还没有建立起“抽象商行为”制度；但由于我国存在诸如合同、代理、证券交易、期货买卖、营业信托、商业票据、商业银行、商业保险、海商等方面的法律，所以可以认为我国已经建立了“具体商行为”制度。
就“具体商行为”制度而言，其主要缺陷在于未能全面贯彻商法的理念和原则，合同和代理都没有区分民事关系和商事关系的差异而分别调整。以《合同法》为例，合同标的物提存和拍卖应当属于商行为的特殊规则，标的物的瑕疵检查和通知义务应属于商人的特殊义务，合同法在不区分商行为和民事行为，不区分双方商行为与单方商行为，不界定商主体与民事主体的情形下，将上述应适用于商人之间的较为严格的商事规则同样适用于非商人之间以及非商人与商人之间的合同交易场合，这是一种略显粗糙和简单的处理方法，忽视了民商之间的差别，[19]没有清楚地认识到商法“法定强制原则”中“商行为法定强制”和“严格责任主义”原理，从而造成了民事合同和商事合同混沌不清。
此外就“抽象商行为”制度而言，由于抽象商行为制度的缺失，商业实践中出现的尚未有单行法调整的营利行为只能求助于民事法律，然而无论是《民法通则》中的民事行为制度，还是《合同法》总则部分的规定，均无适用于商行为的特殊规则，[20]由此也事实上导致了抽象商行为制度的民商混沌，而就其原因则是立法者对商法理念的认识不足。
第五，商事登记立法分散，缺少统一理念与立法精神。我国现行商事登记制度采取依不同主体分别立法的做法，立法形式极度分散。既有关于企业法人登记的一般性法律文件，即《企业法人登记管理条例》、《企业法人登记管理条例施行细则》和《企业登记程序规定》，也有专门针对公司、合伙企业和个人独资企业登记的行政法规、规章，即《公司登记管理条例》、《合伙企业登记管理办法》与《个人独资企业登记管理办法》，还有对外商投资企业的专门规定，如《关于外商投资企业登记管理适用公司登记管理法规有关问题的执行意见》、《关于外商投资企业违反登记管理法规的行为进行处罚的权限和程序的规定》，此外还有专门针对商事登记中某一环节而制定的法律文件，如《企业名称登记管理规定》、《企业法人登记公告管理办法》等。这种分散立法的方式严重妨碍了商事登记制度严谨的法律体系的形成。
由于这种立法上的分散性，导致了商事登记制度的内容既存在相互重叠，又存在不少法律空白和盲点。立法内容上的重叠，突出体现在实体性法律文件与专门关于登记的法律文件的交叉和重叠上，比如我国既规定了企业登记一般性规范又针对不同组织形态的企业制定了专门的登记法规，因而不可避免地在这些法规之间产生大量重叠性规范，既造成了立法资源的严重浪费，还导致立法体系逻辑结构不合理和不完善，更导致了法律适用上的困难，直接影响了商事交易的效率。而立法上的盲点也是由于立法文件的分散性，以及公布时间和制作机构的差异所致，比如在性质上往往不被视为企业的个体工商户，当然不能适用《企业法人登记管理条例》及其施行细则，又没有制定专门的登记法规，因而其登记规范只能适用《城乡个体工商户管理暂行条例》及其实施细则，与其他形态的企业相比，个体工商户的登记规范存在着极为明显的缺陷。
