与劳动合同相比，劳动规章制度则是企业人力资源管理自主权的体现，是企业内部进行劳动管理的措施，仅具有微观层面的意义。《劳动合同法》之所以对劳动规章制度也进行了规定，是因为劳动规章制度对劳动合同的实施具有重大影响，如果不对其进行必要规范，不利于实现劳动合同制度的功能。[20]尊重企业经营自主权曾经在国有企业改革，建立现代企业制度过程中得到突出强调。企业要应对瞬息万变的市场需求，必须通过制定和实施劳动规章制度并根据具体情况进行变更，加大经营管理的灵活性和有效性，即不同类型的企业在符合法律规定的前提下，可以根据自身的状况，制定各具企业特色的劳动规章制度，而不强调千篇一律。所以，劳动规章制度具有更多的微观性和个别性的意义。
除了上述从社会学视角审视两者存在的差异外，在总体上两者之间还存在如下的不同。
第一，从属性不同。劳动从属性包括人格从属性、经济从属性和组织从属性。人格从属性是指劳动者在继续的劳动提供中需要服从雇主的指挥监督而言的，换言之，劳动者的整个劳动的提供都是在雇主的从属关系中进行的。经济从属性是指作为劳动合同当事人的劳动者基本上是无资力而属于无产阶层，处于受雇于雇主从事工作以谋取生活所需经济收入的状态。组织从属性是指拥有劳动力的劳动者，依据企业组织的编制，安排其职务成为企业从业人员之一，同时与其他同为从业人员的劳动者共同成为有机的组织体。劳动合同本质上将形成雇主之指挥监督及劳动者之服从指挥监督而从事劳务之人的关系，体现了人格从属性；同时，由于劳动者所提供之劳动力乃具有随时间消失而无储存可能之本质，在劳动契约订立过程有关劳动条件之谈判时常处于不利地位而仅能附合雇主单方的要求决定劳动条件，这种经济的从属性亦为劳动契约易成附合契约的基本原由。[21]而劳动规章制度则体现了劳动过程中的组织从属性。劳动法中的劳动从形式看是用人单位的集体劳动，各个职工由用人单位组织起来并在其指挥或指派下，以用人单位的名义共同从事劳动。在这里，职工的劳动受企业劳动规章制度的制约，受用人单位意志的支配。就此意义而言，这种劳动对于职工来说是一种组织从属性劳动。
第二，法律地位不同。劳动规章制度归根到底是企业单方制定的对所有员工普遍适用的管理规则，是企业针对非特定员工所制定出的具有普遍约束力的文件。劳动合同是劳动关系双方当事人经过协商一致所进行的特别约定，其中的规定事项仅仅是针对劳动者个体的。虽然企业的劳动合同一般采取格式合同形式，内容基本相同，但毕竟是当事人一对一签订的，有时候对不同的人可以根据具体情况进行相应的补充或变更。在企业对不同岗位的员工设置劳动格式合同时，其内容可能就存在区别。
第三，形成依据不同。虽然《劳动法》、《劳动合同法》均规定用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，但这是从保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务的角度出发作出的规定。企业制定劳动规章制度的权力乃是源自《企业法》、《公司法》及相关的法律、法规所规定的企业自主经营权，该权力包含了企业相应的“立法权”。[22]而劳动合同订立的依据主要是包括《劳动法》、《劳动合同法》等劳动法律以及相关的法律、法规。
第四，形成程序不同。虽然企业具有制定劳动规章制度的自主权，但毕竟其中的大部分内容关乎员工的切身利益，因此其制定、修改须经过法定程序方能有效。劳动规章制度制定的程序民主性，对其实体内容的公正具有决定性意义。《劳动合同法》对此程序进行了较为明确和严格的规定，企业制定或修改直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，必须先召开职工代表大会或组织全体员工对制定的文本进行讨论，并提出方案和意见，然后再与企业工会或者职工代表进行平等协商才能最终确定。对于最终确定的文本，还应当在企业内部向全体员工公示，让员工知晓方能生效执行。在劳动规章制度的制定过程中，虽然有劳动者参与的环节，但其最终还是由用人单位行政部门最后决定。[23]而劳动合同的制定、修改程序相对简单，只要双方当事人在自愿平等的前提下，协商一致，双方签字盖章后即可生效，无须经过其他复杂的修改程序。
第五，基本功能不同。制定企业劳动规章制度的目的是维护整个企业经营管理秩序，保护全体员工合法权益，其约束或保护的是整个企业的所有员工和企业管理方。“工作规则涵盖范围相当广泛，涉及从达到预期劳动产出的工作时间、着装，到行为表现、出勤情况等各方面。资方通常以声称需要维持企业组织内部秩序、协调性和效率为实行工作规则进行辩护。”[24]所以，劳动规章制度的制定和实施更多地反映了用人单位的经营自主权。而劳动合同是双方当事人签订的，用于确立劳动关系，明确劳动权利和义务，约束或保护的是劳动关系双方当事人。与劳动规章制度相比，劳动合同体现了更多劳资合意的成分，劳动者意思自治具有一定的空间。
第六，具体内容存在一定差别。虽然现实中劳动合同包含劳动规章制度的现象很普遍，但是两者的内容并非完全等同。劳动规章制度由劳动条件和劳动纪律两方面构成。由于劳动规章制度适用于企业全体劳动者，其所规定的劳动条件本质上属于集体劳动条件，这与劳动合同当事人之间约定的个别劳动条件有所不同。同时，按照《劳动法》的有关规定，劳动者遵守单位规章制度是劳动合同的当然条款，而根据《劳动合同法》，劳动纪律已经不再是劳动合同的必备条款，两者仅在劳动条件的设定上存在内容上的近似性。
