申请公开的政府信息中属于免予公开政府信息的大致分为四类：第一类，被申请人（政府信息公开机构）根据《中华人民共和国保密法》及其实施办法确定为国家秘密的信息及有关主管部门或者同级保密部门确定为国家秘密的信息；第二类，行政机关发布政府信息需要相关部门批准而相关部门未批准的信息；第三类，公开后可能危及国家安全、公共安全、经济安全以及社会稳定的信息[13]；第四类根据法律、法规规定明确不予公开的信息以及公开可能侵犯他人商业秘密、个人隐私的且权利人不同意公开的。其中第二类、第四类政府信息的证明无异于普通行政诉讼案件，但第一类、第三类政府信息的证明，出于避免国家秘密泄露抑或维护公共利益的考虑，其举证方式、举证时限、审核程序有必要做出特殊规定。

　　1 国家秘密的证明

　　国家秘密指关系国家的安全和利益，依照法定程序确定，在一定时间内只限一定范围的人员知悉的事项。国家秘密的外延具体包括下列秘密事项：（一）国家事务重大决策中的秘密事项；（二）国防建设和武装力量活动中的秘密事项；（三）外交和外事活动中的秘密事项以及对外承担保密义务的事项；（四）国民经济和社会发展中的秘密事项；（五）科学技术中的秘密事项；（六）维护国家安全活动和追查刑事犯罪中的秘密事项（七）其他经国家保密工作部门确定应当保守的国家秘密事项。”[14]。

　　政府信息公开诉讼过程中，被告证明申请公开政府信息属国家秘密的通常举证方式为：依照法律、法规和国家有关规定报请保密机关认定，由保密机关向人民法院出具涉案信息属于国家秘密的确认函。人民法院根据这一确认结果判决维持被告不予公开的行为，或驳回原告的诉讼请求。[15]其中备受争议的是保密机关出具的确认函的性质，有学者主张“确认函”属鉴定结论，则确认函适用鉴定结论的程序要求、认定标准；有学者主张“确认函”为保密机关确认行为的载体，宜定性为书证并适用书证的程序要求、认定标准。笔者认为“确认函”应定性为书面证据而非鉴定结论，进而适用书证的程序要求、认定标准。其一，出具确认函的保密机关不具有鉴定职能，鉴定部门获取鉴定资质是要遵循严格的条件和程序的，没有鉴定资质部门出具的认定函怎能界定为“鉴定结论”呢；其二，《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第十四条要求鉴定结论“应当载明委托人和委托鉴定的事项、向鉴定部门提交的相关材料、鉴定的依据和使用的科学技术手段、鉴定部门和鉴定人鉴定资格的说明，并应有鉴定人的签名和鉴定部门的盖章。通过分析获得的鉴定结论，应当说明分析过程。”[16]显然保密机关出具的“确认函”并不满足鉴定结论的上述形式要求。其三，保密机关是具有确认国家秘密职能的行政主体，因此其确认国家秘密的行为属行政确认行为，做出的书面结论属行政确认行为的书面载体；此外，保密部门出具的“确认函”具有证明力，法院在诉讼过程中可依确认函记载的信息认定事实（但是法院有理由认定确认函有瑕疵的除外）。可见，保密确认函在政府信息公开诉讼中的功用无异于书面证据。