据此，在职权主义诉讼模式下，被告人如果提出了一个积极抗辩事由，但却未能提供相当证据予以支持（出现所谓“幽灵抗辩”的情形时），法官并不能像当事人主义诉讼模式下的法官一样，直接不经实体审理即作出对被告人不利的判决，因为被告人并不承担提供证据证明自己有罪或无罪的责任（主观的举证责任），但这也不意味着应由检察官提出证据证明对方抗辩事由不成立，因为检察官对此也不承担主观的举证责任，[24]“检察官纵有客观性之义务，但对于被告毫无具体根据之主张，亦不必理会”。[25]而是应当启动法官调查程序，由法官依职权就抗辩事由展开证据调查。如果法官认为被告人的抗辩事由没有任何证据线索和讯息，无从展开证据调查的，或者法官依职权调查后，认定被告人的抗辩事由不能成立的，将就该抗辩事由作出对被告不利益的判断，这是因为“被告不自证己罪原则仅在主观举证责任层次，免除被告提出有利证据的义务，而将责任转由法官负担，但是对于某一对被告有利之待证事实未被调查或经调查认定不存在，当然系不利于被告”。[26]
但是，如果法官依职权调查证据后，认为被告人所提出的抗辩存在“疑点”，即真伪不明时，是否即依据检察官承担客观举证责任的原则直接判定被告人抗辩事由成立呢？答案是否定的，因为检察官的客观举证责任是一种终局意义上的对全案负责的举证责任。因此，虽然法官对被告人提出的抗辩事由的真实性形成了“疑点”（真伪不明），但被告人是有罪还是无罪，仍然需要等到诉讼程序结束时，由法官依据证据调查结果和自由心证法则，对证据作整体评价后得出结论。如果法官在考虑到被告人的抗辩事由存在疑问的前提下，经整体观察、综合判断后认为检察官的举证能够达到令自己形成“有罪的确信心证”（相当于英、美等国家的“排除合理怀疑”）的程度，那么，法官仍将判决被告人有罪；如果法官根据这一疑问对检察官的举证以及待证的要件事实产生了合理怀疑，致使其“有罪的确信心证”无法形成，那么，法官必须依据检察官承担客观举证责任、有疑则利被告的原则，作出对被告有利的判断。[27]例如，针对检察官提出的故意杀人罪的指控，被告人提出不在场抗辩。声称案发时自己正在离犯罪现场至少100公里的家中睡觉，对此，因为被告人无法提供任何证据予以证明，也未提供任何可供获取相关证据的线索和讯息，检察官也未进一步提供反驳的证据，这时并非仅根据检察官承担客观举证责任的原则判定检察官承担不利益结果，而是由法官启动职权调查程序，对被告人抗辩事由的真伪进行调查。如果法官经过调查，认为被告人的抗辩事由毫无根据，那么将认定其抗辩不能成立，然后根据检察官的举证情况（是否达到“有罪的确信心证”的证明标准）对该案作出判决；如果法官经调查后，对被告人提出的抗辩事由的真伪产生了疑问，此时也并非立即作出有利于被告人的判断，而是应当就被告人提出的不在场抗辩以及检察官此前的举证作一整体考量、综合评价，如果法官经整体观察综合评价后，仍然认为疑问不能排除，进而对检察官的举证及待证的要件事实产生了合理怀疑，那么法官将作出被告人无罪的判决。[28]
