但是，毋庸讳言，1954年宪法也存在着诸多制度上的不足和缺陷，这些制度缺憾在一定程度上也是宪法未能得到全面有效执行的重要制度性因素之一。
第一，在制宪权主体来看，我们将宪法看成是党和国家政策的法律化，制宪主体是全国人民代表大会，而不是人民，使全国人民代表大会的职权成为“无源之水”，混淆了作为“始原的创造性”权力的制宪权与作为派生的代议制机构的具体行使宪法制定权力之间的关系，使我们长期以来在立宪主体上模糊不清，宪法上不明确。宪法序言第三自然段明确宣告：“中华人民共和国第一届全国人民代表大会第一次会议，一九五四年九月二十日在首都北京，庄严地通过中华人民共和国宪法。”当时曾经有全国人大代表提出在全国人大的职权中专门规定“有权制定宪法”的建议。但正式颁布的宪法文本中没有规定全国人大制宪权方面的职权。对此，宪法起草委员会法律小组做了如下说明：一是本宪法的制定已在序言第三段庄严宣布；二是斯大林宪法是一个新的宪法，同时就是对1924年宪法的修改。所以，即使为了制定第二个宪法，那只是在社会经济情况发生重大变化时，根据情况的需要来修改现行宪法，这已包括在修改宪法的职权范围内，无须另外再规定制定宪法的职权。从这个说明中可以看出，当时对制宪权的理解是不够全面的，把制宪权与修宪权理解为同一个概念，没有确立制宪权本身独立的价值体系，也没有从理论上说明作为制宪权主体的人民和作为制宪权行使者的全国人民大表大会的关系等。从制宪权的一般逻辑看，全国人民代表大会的职权来源于宪法，而宪法是作为制宪权主体的人民制定的，全国人大只是按照人民的意志通过宪法，并享有宪法的职权。{8}（P41）
第二，从制宪目的来看，毛泽东在《关于中华人民共和国宪法草案》中有几段明确的论述，他指出：“一个团体要有一个章程，一个国家也要有一个章程，宪法就是一个总章程，是根本大法。用宪法这样一个根本大法的形式，把人民民主和社会主义原则固定下来，使全国人民有一条清楚的轨道，使全国人民感到有一条清楚的明确的和正确的道路可走，就可以提高全国人民的积极性。”“我们的这个宪法，是社会主义类型的宪法，但还不是完全的社会主义宪法，它是一个过渡时期的宪法。我们现在要团结全国人民，要团结一切可以团结和应当团结的力量，为建设一个伟大的社会主义国家而奋斗。这个宪法就是为了这个目的而写的。”{6}（P710，P712）刘少奇在《关于中华人民共和国宪法草案的报告》中，明确指出：“在我国实现社会主义工业化和社会主义改造，是一个十分艰巨复杂的任务。必须动员全国人民的力量，发挥广大人民群众的积极性和创造性，在正确的和高度统一的领导之下，克服各种困难，才能实现这样的任务。因此，一方面，我们必须更加发扬民主，扩大我们国家民主制度的规模；另一方面，我们必须建立高度统一的国家领导制度。为了这样的目的，我们也有完全的必要制定一个比共同纲领更为完备的像现在向各位代表提出的这样的宪法。”{5}（P144— 145）关于五四宪法的制定目的，我国学者有较多的论述，有的认为，它主要有两个：一是为了巩固革命成果和总结斗争经验；二是保障我国人民能够实现建设社会主义社会的共同愿望。{9}（P90）有的认为，就制宪目的而言，当时的基本目标是以宪法的确认已经取得的经验与成果，并通过宪法的纲领性功能把人们实现社会主义的愿望法定化，赋予其规范的性质。{8}（P57）而在我们看来，从毛泽东、刘少奇、周恩来的论述来看，“五四宪法”的制宪目的主要表现在几个方面：一是总结历史经验；二是建立新的国家机关体系；三是动员群众，扩大民主；四是为实现过渡时期总路线统一思想。这种立法目的，从本质上来说，充分体现了“五四宪法”在立宪目的上并不是由人民来创制国家机关，对国家权力进行合理的配置，设定国家机关的权力运作范围和限度，防止国家机关及其工作人员的主观任性，对国家权力进行有效的法律控制，而是注重确立国家政权的合法性，以动员群众实现党在过渡时期提出的政治任务。这种立宪目的与现代宪法的基本价值和功能存在明显的指向偏离，也为后来党和国家领导人在一系列问题上的主观任性、“左倾”冒进留下了根本法上的漏洞。
第三，从党与国家的关系的来看，“五四宪法”在序言中两处涉及中国共产党的规定，一是在序言第一段总结中国革命的历史时，写道：“中国人民经过一百多年的英勇奋斗，终于在中国共产党领导下，在一九四九年取得了反对帝国主义、封建主义和官僚资本主义的人民革命的伟大胜利，因而结束了长时期被压迫、被奴役的历史，建立了人民民主专政的中华人民共和国。”二是在第四段规定：“我国人民在建立中华人民共和国的伟大斗争中已经结成了以中国共产党为领导的各民主阶级、各民主党派、各人民团体的广泛的人民民主统一战线。今后在动员和团结全国人民完成国家过渡时期总任务和反对内外敌人的斗争中，我国的人民民主统一战线将继续发挥它的作用。”但是，宪法并没有对中国共产党对国家的领导和执政的地位，党与国家机关之间的相互关系，党的权力的运作范围及其限度、运作方式等进行明确规定。“从根本上说，这是一种党和国家两种等级系统平行的制度，而在宪法中没有提到的党则是权力的最终所在。”而“在执行中的实际组织形式比宪法的规定更有重要意义。”{10}（P109）由于党和国家机关，特别是与国家权力机关的全国人民代表大会之间关系不明，党和政府、检察机关、审判机关的关系没有明确规范，党政不分、以党代政等以后发生的许多问题也就长期难以得到解决。对此，美国学者吉尔伯特·罗兹曼的分析尽管有不尽准确之处，但却颇有启迪意义：“晚近的国家宪法规定中国政府追随一个政党。”“分析中国宪政主义的一个更好的方法将是考察党的章程，而不是国家的法律。特别是在共产党统治时期，这些党章篇幅很短，不甚具体，热情洋溢，并且经常修改。它们是货真价实的宣言，而不是最高的法律。其主要目的是描述这些章程制定时的革命火焰；但这些火焰飘忽不定。中共章程在通过之后不会生效很长时间。没有一个党代会不写出一部新章程。这种习惯作法本身就对中国现代化时期的政治过程能够轻易地实现稳定，包含着一种强烈的不信任感，而这种预期又往往变为现实。”“因此，法律在实践中常常被忽视或修改，也就不足为奇了。政府决策出现高度的个人化和随机性，中国不是这方面的第一个国家。履行法定程序的观念是微弱的。”{11}（P406— 407）
