首先，某些重要的纳税人程序性权利没有规定。例如，缺乏诚实推定权，实践中征税机关往往将纳税人视为潜在的逃税者，“有罪推定”的思维挥之不去，容易导致侵犯纳税人人格尊严及其他合法权利情况的发生；又如，由于缺乏纳税人拒绝不合理的检查权，实践中纳税人若“得罪”了征税机关，容易遭到征税机关出于报复纳税人的目的，而在一定期间内反复稽查。

　　其次，某些纳税人权利规定得不够细化。例如，纳税人延期缴纳税款条款中没有明确是否要加收滞纳金，实践中一些地方擅自加收滞纳金，使纳税人多付出一笔成本；又如，规定纳税人有延期申报权，但对纳税人延期申报的条件、时间、税务机关不予核准或不予答复的法律后果等均缺乏相应的规定，致使实践中难以操作。

　　第三，个别条款的规定容易导致实践中征税机关侵犯纳税人权利情况的发生。例如，第23条规定，“国家根据税收征收管理的需要，积极推广使用税控装置。纳税人应当按照规定安装、使用税控装置，不得损毁或者擅自改动税控装置。”第60条规定：对“未按照规定安装、使用税控装置，或者损毁或者擅自改动税控装置的”，“由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款”。实践中，一些税务部门强制纳税人以高价购买指定的报税机器及软件，纳税人怨言虽大，但由于不敢得罪税务部门，权利受侵犯也只能忍气吞声。

　　第四，最突出的问题在于对纳税人权利救济方面存在诸多缺陷。1、未明确当税务机关滥用职权或不当行使扣押权或保全，使纳税人利益遭受损失时，不仅应赔偿其直接损失，而且应当赔偿间接损失。也未明确税务机关侵害公民自由权时，应当赔偿精神损失；2、第88条纳税人与征税机关争议处理采取的是复议前置主义，而且规定复议的前提为必须“缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保”，限制甚至剥夺了纳税人获得法律救济的权利。这种“清债后再说理”的做法显然不符合行政文明、民主和法治的要求。[3]3、税务行政诉讼方面。《实施细则》第100条规定：税收征管法第88条规定的纳税争议，是指纳税人、扣缴义务人、纳税担保人对税务机关确定纳税主体、征税对象、征税范围、减税、免税及退税、适用税率、计税依据、纳税环节、纳税期限、纳税地点以及税款征收方式等具体行政行为有异议而发生的争议。事实上，以上列举并未穷尽所有的具体税收行政行为，规定的范围尚不如《行政诉讼法》规定的受案范围；此外，第88条的规定，对原告的资格限制过严格，原告资格仅限于纳税人、扣缴义务人、纳税担保人等直接行政相对人，间接行政相对人不具有起诉的资格。