在1998年所颁布的《关于证券投资基金税收问题的通知》中明确规定，对投资者从基金分配中获得的股票的股息、红利收入以及企业债券的利息收入，由上市公司和发行债券的企业在向基金派发股息、红利、利息时代扣代缴20%的个人所得税，基金向个人投资者分配股息、红利、利息时，不再代扣代缴个人所得税。这一规定，在2002年针对开放式证券投资基金颁布的规章中，则变为“对基金取得的股票的股息、红利收入，债券的利息收入、储蓄存款利息收入，由上市公司、发行债券的企业和银行在向基金支付上述收入时代扣代缴20%的个人所得税，对投资者(包括个人和机构投资者)从基金分配中取得的收入，暂不征收个人所得税和企业所得税”。根据上述规定，对于封闭性证券投资基金，20%的个人所得税是针对投资者进行扣缴的，而对开放式证券投资基金，同样的20%的个人所得税，其纳税主体却变成了“基金”本身。根据个人所得税法的规定，个人所得税针对“个人”征收，亦即“自然存在的生物有机体”，而“基金”显然是非独立存在的“自然人”，对基金征收此个人所得税显然是存在纳税主体上的误解的。即便在封闭式证券投资基金中，尽管法律明定该个人所得税针对投资者进行扣缴，然而，这些由上市公司、发行债券的企业和银行时代扣代缴的个人所得税后分配到证券投资基金中的“股息、红利收入，债券的利息收入、储蓄存款利息收入”，仍应抵扣基金在运营过程中所产生的费用（如基金管理人的管理费用）、购买股票、债券等所发生的亏损后才能分配给投资者。因此，这20%的个人所得税的税基显然并非投资者分配到的基金收益的总额，而仅是基金所取得的收入总和。再加上投资者显然并非都是个人，不加区别对其扣缴个人所得税，显然也是违法税法的规定的。从这个意义上来看，对封闭式证券投资基金的投资者所征收的“个人所得税”，实质上也是针对封闭式证券投资基金本身而征收的，同样也会产生纳税主体上的混淆的问题。
（三）质疑三：证券投资基金是企业所得税的纳税主体
1998年所颁布的《关于证券投资基金税收问题的通知》规定，对基金从证券市场中取得的收入，包括买卖股票、债券的差价收入，股票的股息、红利收入，债券的利息收入及其他收入，暂不征收企业所得税。亦即，证券投资基金是为企业所得税的纳税人，只是其纳税义务被暂时免除。而在2002年的《关于开放式证券投资基金有关税收问题的通知》，基金买卖股票所取得的差价收入，其企业所得税的纳税主体却是“基金管理人”，基金不过是其买卖股票、债券时所运用的资产，是“物”而非“人”。根据2007年颁布的《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称《企业所得税法》）的规定，在中华人民共和国境内的企业和其他取得收入的组织为企业所得税的纳税人。显然，如果基金仅作为“财产”存在，是无法成为企业所得税的纳税主体的。但封闭式证券投资基金与开放式证券投资基金的差别仅在于封闭式基金的发行总额事先确定，在封闭期间内基金单位总数不变，投资人不能自由申购或赎回基金，而开放式基金的发行总额不固定，基金单位总数可以随时增减，投资者可以按基金的报价在规定的营业场所申购或赎回基金单位，[2]两者之间并不存在“主体”与“物”之间的巨大差别。因此，两份通知在认定证券投资基金的企业所得税纳税主体资格方面是存在矛盾的。另一方面，基金管理人成为开放式证券投资基金下的股票、债券的转让所得的企业所得税的纳税人。根据《企业所得税法》的规定，中华人民共和国境内的企业，“从各种来源取得的收入”，减除各种可扣除的项目后，为应纳税所得额，亦即只有在某一所得能够实质归属于该企业的情况下，该企业才会因此成为企业所得税的纳税人。但问题在于，根据2003年的《中华人民共和国证券投资基金法》第6条的规定，基金财产独立于基金管理人的固有财产，基金管理人不得将基金财产归入其固有财产，似乎认为基金管理人并不对基金财产享有所有权，进而对运用基金财产买卖股票、债券的差价收入也不得享有所有权。因此，由基金管理人对该差价收入承担纳税义务，同样也是值得怀疑的。
