在电子商务十大应用之一的VOIP领域，Eidos通信公司、信息路由公司、Flexiworld技术公司、Riparius风险公司、Mangosoft知识产权公司、伙伴通信公司等分别起诉Skype专利侵权。针对Skype的最新专利侵权诉讼发生在2009年4月份。在电子商务十大应用之一的视频搜索领域，有益创新公司、Antor媒体公司等分别控告Youtube专利侵权。

　　2009年6月以来，卷入专利纠纷的电子商务网站继续快速增加。例如，2009年6月16日，Bedrock计算机技术公司在德克萨斯东区的联邦地区法院，控告Amazon.com、美国在线、CME集团、MySpace公司、Google、Yahoo、Match.com等10家公司专利侵权。2009年7月6日，美国SPH公司在弗吉尼亚东区的联邦地区法院，控告Amazon.com等数十家公司侵犯专利权。

　　（三）电子商务综合门户频繁卷入专利诉讼

　　美国电子商务综合平台，如Google、雅虎曾各自卷入数十起专利诉讼。其他获得风险投资支持的数十家专业搜索网站，也属于电子商务综合平台，卷入专利诉讼的不在少数。例如，仅在美国德州东区的联邦地区法院，Google今年4、5两月就卷入了3起重大专利纠纷。涉案的6件专利覆盖了电子商务领域的基础技术。

　　例如，2009年4月6日，平行网络公司起诉Google、亚马逊、Kayak软件公司侵权，涉案专利为US6446111，该专利授权日期为2002年9月3日，主要保护客户端与服务器端之间的通讯方法，包含27项权利要求，其权利要求1是：一种数据处理系统，包括服务器，其连接通讯网络，可接收客户设备请求，能集合多项数据，所述数据项包括特定信息，如所述请求函数、可执行插件；所述插件由所述服务器响应所述请求而动态生成；所述数据处理系统还包括与所述插件关联的子系统，包括所述数据项组成的子集，子集中的每个数据项至少用作所述插件中的先导入值；所述数据处理系统进而包括一个与插件关联的子系统，包括用于先导入值多路操作的数据界面，所述操作含有与所述数据项的子集关联的操作，所述插件可经由通讯连接在客户端装置上运行。

　　2009年4月9日，Actus公司控告Google、美国银行、Visa公司、万事达卡国际公司、沃尔玛超市、迪斯尼公司、M&T银行、Javien数字支付方案公司等20家企业侵权。涉案专利有4项，全部保护用电子令牌实施电子商务交易的方法和设备。其中，US7328189专利授权日期为2008年2月5日，权利要求13项，权利要求1为；执行电子商务的方法，包括如下步骤：打开第一卖方的用户账户；对第一用户签发电子令牌；把电子令牌添加到第一卖方维护的用户账户；在用户账户中交换电子令牌，获取第二电子令牌，第二电子令牌由第二卖方签发；用第二电子令牌通过第二卖方购买或者租赁产品/服务，其中，产品/服务的价格在第二电子令牌单元项中陈列；从第一卖方向第二卖方传递补偿，补偿额等于第二电子令牌值。US7249099授权日期为2007年7月24日，权利要求32项，权利要求1为；权利要求1为；执行电子商务的方法，包括如下步骤：配置接收第一电子令牌的第一卖方网络服务器；配置接收第二电子令牌的第二卖方网络服务器；配置与所述第一网络服务器和第二网络服务器有通讯连接的商场服务提供商服务器，为它们之间的电子商务提供便利；商场服务提供商服务器向第一网络服务器签发第一种电子令牌；该电子令牌用于购买或者租赁第一网络服务器或者第二网络服务器提供的产品/服务；向用户签发第一电子令牌子集；在商场服务提供商服务器建立第一数据库，第一数据库包括第一网络服务器的账户信息，以及第二卖方用第一电子令牌在第二网络服务器上购买产品/服务的电子交易信息；从第一网络服务器向第二网络服务器传递补偿额，等于第二电子令牌值。US7177838授权日期为2007年2月13日，权利要求28项；US7376621授权日期为2008年5月20日，权利要求25项。这两个专利与前述两个专利属于同一专利家族，差别仅在于电子令牌的使用步骤和方法。Actus公司的经营者是Dan Perez律师，对被告造成了较大的诉讼压力。