当事业者的某种行为共同适用反垄断法和行业监管法时，应如何协调两者的关系是个难题。为了解决这个难题，日本的竞争执法机构和行业主管机构之间共同制定指南等这一做法值得我国借鉴。例如：电力方面，日本公正交易委员会与经济产业省共同发布《关于适当的电力交易的指南》（2002年7月25日），煤气方面，日本公正交易委员会与经济产业省共同发布《关于适当的煤气交易的指南》（2004年8月6日）。这些指南的目的是为了通过以实现部分自由化的各行业零售市场为中心，竞争执法机构与行业主管机构在各自管辖范围内负责，同时又相互配合，形成反垄断法和行业监管法的协调规制。另外，在电信方面，日本公正交易委员会和总务省共同发布了《关于促进电信事业领域竞争的指南》（2002年12月25日）。其目的是促进该事业的竞争，在两法发挥作用的基础上，正确运用反垄断法和电信法，在各自管辖的范围内负责制定。
笔者曾向有关部门建议，通过反垄断执法机构和行业监管机构共同制定规章或指南的方式来协调反垄断法与行业监管法的关系。[7]
三．反垄断执法机构与行业监管机构的关系
关于反垄断执法机构与行业监管机构的关系，第一次审议稿第44条第一款规定：“对本法规定的垄断行为，有关法律、行政法规规定应当由有关部门或者监管机构调查处理的，依照其规定。有关部门或者监管机构应当将调查处理结果通报国务院反垄断委员会。”这里明确赋予行业监管机构具有优先执法权，只是把执法结果通报国务院反垄断法委员会即可。第44条第二款规定：“有关部门或者监管机构对本法规定的垄断行为未调查处理，反垄断执法机构可以调查处理。反垄断执法机构调查处理应当征求有关部门或者监管机构的意见。” 第二次审议时，把第44条第二款删除了（第二次审议第56条）。这就意味着规制行业或者管制性产业中的垄断行为的反垄断执法权，被行业监管机构所垄断。
第一次审议稿的规定仅仅赋予行业监管机构具有优先执法权，而第二次审议稿就是赋予行业监管机构具有垄断执法权，这是最糟糕的设计。以至于引起广泛批评，最后在第三次审议时，干脆把第一次审议稿第44条第一款也删除，给反垄断法立法留下一个空白，留给将来规定。
