二、改进部分行政处罚的设计，将相对人的行政责任与民事赔偿、刑事追究相结合
1．改进警告的实施方式，强化限期治理制度的责任控制
法律设置“警告”的日的，是对违法者的名誉、荣誉、信誉或精神上的利益造成一定损害，以示警戒和惩罚。[11]《环境保护法》、《大气污染防治法》和《水污染防治法》等法律只规定了“警告”的处罚，缺乏具体的实施办法。实践中的做法是，环境资源监管部门向违法者发出书面或口头警戒通知，声明行为人的行为已经违法，责令其改正并严禁再犯。由于“警告”只向违法者本人发出，并不对外公开，因此起不到损害违法者名誉、信誉的作用，不能获得警戒和惩罚的效果。事实上，违法者尤其是企业对声誉、信誉十分敏感。因为在激烈的市场竞争中，企业为了生存和发展，往往花重金对自身进行包装和宣传，以塑造在消费者、投资人和合作伙伴心目中的良好形象。如果改进现行警告的实施方式，如在指定的媒体上刊登“警告”的处罚和企业的道歉声明，将企业违法排污或破坏环境的事实予以曝光，利用公众和舆论对其施加压力，既可以达到警戒和惩罚的目的，也能更好地促使其整改。
根据法律规定，限期治理期间最长可达三年，由于没有相关的责任规定，环境监管部门在此期间难以对其进行监管。一些企业为了节省成本，故意不履行或拖延治理任务，如果不加强限期治理期问的过程监管，最后的达标就难以保证。建议在限期治理的责任部分增加以下内容：当事人在限期治理期间没有采取积极措施，可能导致治理任务难以完成的，或者限期治理期限过后，仍然不能达标排放的，由环境行政主管部门责令有污染治理能力的单位代为治理，所需费用由当事人承担。因为限期治理的目的就是促使污染者采取措施减轻或消除污染，以达到法定的排放标准。对于技术落后、或没有能力完成治理的企业，可以责令其停业、关闭。停产、关闭处罚权可以参照新《水污染防治法草案》的规定，将停产权授予环境监管部门，关闭权授予政府，既避免地方政府出于经济利益的目的干预执法，同时又平衡地方经济发展和环境保护的矛盾。此外，生态破坏领域也可以推行限期治理，建议修改时扩大其适用范围。
2．将行政罚款与民事赔偿相结合，对恶意偷排、反复污染的行为追究刑事责任
