赞成者认为，不论辩诉交易判决或是经通常程序所为判决，均会有可能发生法院未能及时发现隐性之犯罪事实。盖依目前实务运作，对于犯罪行为具有连续或是继续之性质者，其既判力之基准点判断采最后审理事实可能说，即事实发生在最后事实审宣判之前，则为既判力之所及，不得再追诉处罚，故未能实时发现犯罪，因既判力效力之扩张，无从再对被告人刑追诉处罚之问题，并非辩诉交易制度特有之现象。而法院在审理案件之过程中，发现被告人有其它较重之裁判上一罪之犯罪事实，依台湾地区“刑事诉讼法”第455条之4第1项第6款规定，亦不得为协商判决。
第三，是否有可能产生法官、检察官与被告人勾结的弊端。反对者认为采行辩诉交易程序，被告人可以认罪交换较低量刑而与法官、检察官协商，不肖检察官、法官可能利用此制度与被告人或被告辩护人勾结甚而收贿以使被告受较轻于其所犯之罪的刑罚，此将使人民产生司法不公及对司法廉洁产生疑虑。
赞成者认为，任何刑事诉讼制度之设计，均有赖法官、检察官之公正、廉洁为基本前提，而在刑事诉讼制度之设计，行使审判权之法官与行使公诉权之检察官立于相互监督制衡之地位，殊难想象法官与检察官及律师利用协商相互勾结，让被告获得较轻处罚之情形。
第四，台湾地区刑事诉讼已有缓起诉及简易判决制度，是否有设置辩诉交易之必要。依台湾地区“刑事诉讼法”规定之缓起诉及简易判决处刑，对于得宣告缓刑、得易科罚金之有期徒刑或拘役或罚金之案件可以简易程序终结，又被告人所犯为死刑、无期徒刑或最轻本刑三年以上有期徒刑以外之罪，检察官参酌“刑法”第57条所列事项及公共利益维护，认为缓起诉为适当者，亦得为缓起诉之处分，故利用上开机制已足以处理简易及轻微案件，无须增设辩诉交易程序。
赞成者认为，辩诉交易程序与简易程序虽均同有节省司法资源此用之功能，但二者适用范围及运作方式实不相同，例如适用辩诉交易之情形涵盖通常程序及简易程序之案件，得适用简易程序之案件必能适用辩诉交易程序，但适用辩诉交易程序未必均能适用简易程序。
三、结语
“惩罚犯罪”与“保障人权”是刑事诉讼法的两大目的，立法者在刑事诉讼法中铺设了许多辅助机制，无非旨在完成此一使命；无可讳言，认罪协商机制是立法者为达上述目的所可选择的工具之一，但重点在于立法者使用这项工具所欲达成的宗旨为何？是侧重“惩罚犯罪”抑或偏重“保障人权”？这个核心目的将决定“认罪协商”机制的价值，也是检视“认罪协商”机制实践成果的基准。依台湾地区现制的辩诉交易而言，犯罪是否成立并无协商余地，盖因被告仅能就刑度与检察官进行协商，因此该相关规定应是为了赋予“原被两造就刑度讨价还价后所成立合意”的规定，且协商刑度通常是被告所愿接受的范围，一般来说不会以“必须”得受自由刑为判决之内容，因此辩诉交易机制事实上并非为惩罚犯罪的刑事目的而存在；再则，辩诉交易系以被告认罪为前提，并需因协商而放弃以通常程序受审的基本权利，故该规定也不能可是为了“保障人权”的刑事目的而存在；简言之，台湾地区认罪协商的存在价值旨在提升司法“效率”。不论台湾地区认罪协商还是大陆的被告人认罪的案件，立法目的都是期待协商制度能为积案如山之法院带来一场及时雨，但是当事人（尤其是被告人）对于认罪协商激活后，未能达成协商判决将使法院对被告产生某种程度之不心证，因而畏惧认罪协商；如何健全认罪协商案件的制度，解决前述之疑义，均有赖两岸立法者的智慧。
